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NGS アダプター合成

サービス概要

カスタムNGSアダプターは、イルミナシーケンサー用のライブラリ調製時に使用します。
IDTでは各アダプターをカスタム合成で対応しており、アダプターの種類やインデックス数等、実験にあわせて最適化できます。

xGen Stubby Adapter and Unique Dual Index Primer Pairs
Lotus DNA Library Prep Kit等、ライゲーションベースのライブラリ調製キットに使用可能なNGSのUDIアダプターです。16 indexes-16 samplesおよび96 indexes-96 samplesのセットをご用意しております。

Custom NGS Adapters
アダプター選択ツール(Custom Adapter Configurator)を用いて、アダプターの種類やインデックス数等、実験にあわせたアダプターをカスタムで合成できます。ご希望の条件を選択するだけで最適のアダプターが表示され、そのままご注文まで進めて頂けます。

xGen Dual Index UMI Adapters—Tech Access
UMI(Unique Molecular Identifier: 分子バーコード)を含むアダプターです。低頻度のバリアント検出を可能にし、シーケンス解析における重複リードの除去に役立ちます。


xGen Stubby Adapter and Unique Dual Index Primer Pairs

Lotus DNA Library Prep Kit等、TAライゲーションベースのライブラリ調製キット用に設計されています。短いY型アダプターであるStubby AdapterをA付加したインサートにライゲーションし、 i5/i7インデックス配列およびP5/P7配列を含むインデックスプライマーを、PCRによりライブラリに追加します。

インデックス配列は各i5/i7ですべて異なる配列(UDI: Unique Dual Index)を使用しており、インデックスホッピングによりアダプターが誤って付加された場合でも、解析時に識別し除くことが可能です。

価格
xGen™ Stubby Adapter and UDI Primers Pairs
製品名 価格 カタログ番号 納期
xGen™ Stubby Adapter and UDI Primer Pairs, Index 1-16 ¥8,265 10005976 1-2週間
xGen™ Stubby Adapter and UDI Primer Pairs, Index 1-96 ¥43,775 10005921


Stubby AdapterおよびUDI Primersは個別ご購入頂くことも可能です。

xGen™ Stubby Adapter
製品名 価格 カタログ番号 納期
xGen™ Stubby Adapter, 16 reactions ¥3,300 10005974 1-2週間
xGen™ Stubby Adapter, 96 reactions ¥13,295 10005924

xGen™ UDI Primer Pairs
製品名 価格 カタログ番号 納期
xGen™ UDI Primer Pairs, Index 1-16 ¥6,615 10005975 1-2週間
xGen™ UDI Primer Pairs, Index 1-96 ¥32,685 10005922


Lotus DNA Library Prep Kitと合わせてご利用頂けます
  16サンプル調製時 96サンプル調製時
Lotus DNA Library Prep Kit ¥35,300 ¥190,550
xGen™ Stubby Adapter and UDI Primer Pairs ¥8,265 ¥43,775
合計価格 ¥43,565 ¥234,325
1サンプルあたりの価格 ¥2,723 ¥2,441
Lotus DNA Library Prep Kitについて、詳しくはこちら »


各種仕様
シーケンサー Illumina
インデックス配列 16または96
濃度 Stubby Adapter: 15 µM
UDI Primers: 20 µM (10 µM each Primer)
納品フォーマット Stubby Adapter: チューブ
UDI Primers: 96 wellプレート(Primer Pair/well)
輸送形態 ドライアイス納品
保管温度 -20℃
プロトコール・ユーザーガイド - xGen™ Stubby Adapter and UDI Primer Pairs
下記ページより最新のプロトコール・ユーザーガイドをご取得下さい
» xGen Stubby Adapter and Unique Dual Index Primer Pairs ページ ▲Resources

ご注文方法 - xGen Stubby Adapter and UDI Primer Pairs
1-1. 新規登録後、http://sg.idtdna.com/siteを訪問し、ログインして下さい。
1-2. ログイン完了後、国旗を「日本」に変換し、続いて[Order Menu]のタブをクリックして下さい。
① ログイン状態の確認② 国旗の変更(日本のポータルサイトへの移動)③ [Order Menu]のタブをクリック
1-3. xGen Stubby Adapter and Unique Dual Index Primer Pairsをクリックして下さい。


1-4. Quantityを1以上にした後、ADD TO ORDERをクリックし、ショッピングカートに入れます。

ショッピングカート以降はこちら ▶

Custom Adapter Configurator

Custom Adapter Configuratorを用いると、アダプターを直感的に選択でき、価格も即座に提示いたします。

Adapterの購入や見積もりに関しましては、まずはこちらをお試し下さい。

Custom Adapter Configuratorの使い方
Custom Adapter Configuratorを用いると、アダプターを直感的に選択でき、価格も即座に提示いたします。 使い方は一見煩雑に見えますが、すでに使いたいアダプターが決まっている場合は、1分以内に選択可能です。


例として、Custom Adapter Configuratorを用いて、下記のアダプターを選択します。


各項目の意味

アダプターの構成方法:
ライゲーションベース
インデックスの種類:Single Index
アダプターの種類:Full-Length
インデックス配列長:8 bp
インデックス数: 4インデックス
反応数:16 Reactions
メチル化の有無:なし



アダプターの構成方法
市販のNGSライブラリ調製キットでは、キットによって異なる方法でサンプルDNAフラグメントにアダプターを結合しています。

図1. アダプターの構造
「TruSeq–Compatible Full-length Adapters」および「TruSeq– Compatible Stubby Adapter and Indexing Primers」は、ライゲーションベースのライブラリ調製用です。

Illumina TruSeq DNA Sample Prep Kit、NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit、Kapa HyperPrep Kit等と互換性があります。



TruSeq–Compatible Full-length Adapters
インデックス配列およびP5/P7を含む完全長アダプターで、PCR-Freeでシーケンスが可能です。収量を増やすためにPCR増幅も可能です。

TruSeq–Compatible Stubby Adapter and Indexing Primer
Stubby adapterをライゲーション後、インデックス配列およびP5/P7を含むプライマーでのPCRが必要です。
Stubbyとは部分的という意味で、完全長アダプターにするためにPCRが必要です。

Nextera–Compatible Indexing Primers
トランスポゾームベースのライブラリ調製用です。Nextera DNA Library Prep Kit等と互換性があります。
タグメンテーションと呼ばれるトランスポゾームの反応によって、サンプルDNAフラグメントの両端に付加された短いアダプター配列を基に、インデックス配列およびP5/P7を含むプライマーでPCRを行う事でアダプター配列が完成します。
インデックス
アダプターやプライマーに短いインデックス配列(8〜10塩基)を含めることで、シーケンサーの同じフローセルまたはチップ上で、複数のサンプルをまとめてシーケンスすることができます。

各インデックスは特定のサンプルライブラリに固有のものであり、データ解析時にシーケンスリードを正しいサンプルに割り当てるために使用されます。

Custom Adapter Configuratorでは、IDTで設計した8塩基または10塩基のインデックス配列と、Illuminaで設計された8塩基または10塩基のインデックス配列を選択可能です。各インデックス配列は、ResourcesIndex filesからご確認頂けます。

またCustom Adapter Configuratorでは、インデックスホッピングを解消する独立のデュアルインデックスや、分子バーコードやメチル化を含むアダプターを選択、合成することも可能です。

なお、ご希望のインデックス配列をマニュアルで入力、ご注文頂くことも可能です。2,000種類以上の配列をご希望の場合は、japan-cc@idtdna.comまでお問い合わせ下さい。
インデックスの種類
SI(Single Index) アダプターの片側にインデックスを付加します。
CDI(Combinatorial Dual Index) アダプターの両側にインデックスを付加します。各インデックスの組み合わせで、識別可能なサンプル数を増やすことができます。
例)8インデックス × 12インデックス = 96通り
UDI(Unique Dual Index) アダプターの両側に独立したインデックスを付加します。インデックスホッピングを解消できます。
UDI-UMI(Unique Molecular Identifier) UDIに分子バーコードを付加します。分子バーコードについては、下記 xGen® Dual Index UMI Adaptersをご参照下さい。
xGen® Dual Index UMI Adapters - Tech Access
xGen® Dual Index UMI AdaptersはUMI(Unique Molecular Identifier)とマルチプレックス解析用のDual Index配列を含むアダプターオリゴです。

■UMI Adaptersの模式図

UMIは低頻度のバリアント検出を可能にし、シーケンス解析における重複リードの除去に役立ちます。

各インデックス配列は、それぞれユニークな配列で構成されており、ミスアライメントやインデックスホッピングを防ぐことが出来ます。これらの機能を持つアダプターを使用することで、シングルインデックス、デュアルインデックス、UMIの何れの実験にも対応することが可能です。

  • ・UMIにより、低頻度のバリアント検出効率を改善できます。
  • ・デュアルインデックス配列を持ち、サンプルのミスアライメントを防ぎます。
  • ・2色および4色のイルミナシーケンサーに最適化されたデザインのインデックスを使用して、サンプルのマルチプレックス数を増やすことができ、コストを削減できます。
  • ・xGenプローブとあわせて実験を行うこともでき、 xGen Universal Blockers-TS Mixと組み合わせるとさらに優れたデータを取得可能です。

本製品に関する見積もりや製品内容に関しましては、弊社のテクニカルサポートと相談しながら進めさせて頂きます。まずはJapan-cc@idtdna.comまでお問い合わせ下さい。

表1. インデックスの選択例
アプリケーション 第一選択 代替可能
サンプルクロストークが問題にならない生殖細胞系の実験
(SNPやindelの検出)
UDI SI、CDI、UDI-UMI
サンプルクロストークを避けたい生殖細胞系の実験
(トランスレーショナルリサーチ、 遺伝学的解析、感染症研究)
UDI UDI-UMI
~1%頻度の変異検出
(がん、モザイク変異、その他体細胞変異)
UDI-UMI  

各種仕様と選択オプション
■ 容量
反応数(16または96反応)または納品量(2、8、24 nmol)から容量をお選び下さい。
納品量と1回あたりの使用量については、下記の表をご参照下さい。

アダプターまたはプライマー 濃度(μM) 1反応あたりの使用量(nmol)
TruSeq–Compatible Full-length Adapters 15 0.075
TruSeq–Compatible Stubby Adapter 15 0.075
TruSeq–Compatible Primers 10 0.050
Nextera–Compatible Indexing Primers 10 0.025

■ 納品形態
チューブ、プレート、または使い捨てプレートからお選び下さい。
Screw-top matrix plateの納品形態を選択した場合、各Tubeの確認に別途スキャナが必要となります。

■輸送形態
ドライアイス納品となります。

■メチル化
エピジェネティクス研究におけるバイサルファイト処理用に、アダプターをメチル化することが可能です。

■TruGradeサービス
高精度なデータが必要となる次世代シーケンス実験においては、僅かなインデックスのクロスコンタミが問題となる場合があります。
TruGradeサービスを選択すると、クロスコンタミを0.01%以下まで抑えることができます。

TruGradeサービスの詳細は、製品ページおよび下記の記事をご参照下さい。
Tips for minimizing sample misassignment during multiplex NGS.
価格

TruSeq–Compatible Full-length Adapters*


2 nmol 8 nmol 24 nmol 16 rxn 96 rxn
SI ¥9,400 ¥18,800 ¥37,800 ¥7,200 ¥17,000
CDI ¥6,650 ¥9,400 ¥19,000 ¥4,950 ¥8,850
UDI ¥14,400 ¥28,700 ¥57,500 ¥11,000 ¥26,500
UDI-UMI ¥14,400 ¥28,700 ¥57,500 ¥11,000 ¥26,500

*アダプターあたりの価格です。メチル化やTruGradeサービスを選択した場合、追加料金が発生します。
Nuclease-free Duplex Buffer (30 mM HEPES、100 mM potassium acetate、pH 7.5)に溶解して納品します。

TruSeq–Compatible Stubby Adapter and Indexing Primers*


  2 nmol 8 nmol 24 nmol 16 rxn 96 rxn
SI ¥6,600 ¥13,200 ¥27,600 ¥5,000 ¥12,100
CDI ¥3,800 ¥5,500 ¥11,000 ¥3,320 ¥5,000
UDI ¥8,800 ¥18,800 ¥37,600 ¥7,200 ¥18,200

*アダプター - プライマーセットあたりの価格です。メチル化やTruGradeサービスを選択した場合、追加料金が発生します。
TruSeq– Compatible Stubby Adapterは、Nuclease-free Duplex Buffer (30 mM HEPES、100 mM potassium acetate、pH 7.5)に溶解して納品します。
TruSeq–Compatible Indexing Primersは、IDTE (1X TE buffer、pH 8.0)に溶解して納品します。

Nextera–Compatible Indexing Primers*


  2 nmol 8 nmol 24 nmol 16 rxn 96 rxn
SI ¥5,000 ¥13,300 ¥27,600 ¥3,320 ¥5,500
CDI ¥2,800 ¥6,600 ¥13,800 ¥1,650 ¥2,800
UDI ¥5,000 ¥13,300 ¥27,600 ¥3,320 ¥5,500

*インデックスあたりの価格です。メチル化やTruGradeサービスを選択した場合、追加料金が発生します。
IDTE (1X TE buffer、pH 8.0)に溶解して納品します。

TruGradeサービスの追加料金*


  2 nmol 8 nmol 24 nmol 16 rxn 96 rxn
Nextera™–Compatible Indexing Primers ¥3,320 ¥9,900 ¥13,300 ¥2,800 ¥3,800
TruSeq™–Compatible Stubby Adapter/Indexing Primers ¥4,400 ¥9,900 ¥16,500 ¥3,320 ¥9,400
TruSeq™–Compatible Full-length Adapters ¥13,300 ¥17,700 ¥20,500 ¥11,000 ¥16,600

*アダプター/プライマーあたりの価格です。

メチル化アダプターの追加料金*


  2 nmol 8 nmol 24 nmol 16 rxn 96 rxn
TruSeq™–Compatible Stubby Adapter/Indexing Primers ¥6,600 ¥8,300 ¥11,100 ¥5,500 ¥7,700
TruSeq™–Compatible Full-length Adapters ¥6,650 ¥8,250 ¥11,100 ¥5,550 ¥7,700

*アダプター/プライマーあたりの価格です。
プロトコール・ユーザーガイド - Custom Adapter Configurator
下記ページより最新のプロトコール・ユーザーガイドをご取得下さい
» Custom NGS Adapters ページ ▲Resources


ご注文方法について

1-1. 新規登録後、http://sg.idtdna.com/siteを訪問し、ログインして下さい。
1-2. ログイン完了後、国旗を「日本」に変換し、続いて[Order Menu]のタブをクリックして下さい。
① ログイン状態の確認② 国旗の変更(日本のポータルサイトへの移動)③ [Order Menu]のタブをクリック
1-3. Custom NGS Adapterをクリックして下さい。


もしくは、国旗を日本に変更後、下記のCustom Adapter Configuratorからアダプターを選択して下さい。

1-4. Custom Adapter Configuratorの使い方については、「▼ Custom Adapter Configuratorの使い方 (クリックで展開)」をご参照下さい。