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次世代シーケンス用エンリッチプローブ

サービス概要

xGen® は次世代シーケンス実験において、キャプチャープローブを用いたターゲットシーケンス法の製品です。


»xGen® プローブの特徴はこちら

エンリッチ用カスタムプローブ
xGen® Lockdown® Probes
 新規プローブセットの作製や、お手持ちのプローブセットの拡張・補填など実験目的に合わせたプローブセットをご購入いただけます。
 各遺伝子から目的の遺伝子をお選びいただくプレデザイン品と、ご希望のプローブ配列を合成するカスタム品をご用意しております。

エンリッチ用カタログパネル
xGen® Lockdown® Panels
エクソームおよび各疾患用に最適化されたプローブセットです。

ブロッキングオリゴ
xGen® Universal Blocking Oligos
アダプター配列に特異的に結合するブロッキングオリゴです。サンプル同士の結合を防ぐことで、オフターゲットを減らすことが出来ます。

ハイブリダイゼーション試薬
xGen® Hybridization and Wash Kit
キャプチャープローブを用いたターゲットエンリッチメントの工程に必要な、各種バッファー、Cot DNA、ストレプトアビジンビーズのセットです。

アダプター
xGen® Dual Index UMI Adapters — Tech Access
ランダムな塩基配列(Unique Molecular Identifier:UMI)とマルチプレックス解析用のDual Index配列を含むアダプターオリゴです。5%以下の稀少変異の検出が期待できます。


xGen® Lockdown® Probes

xGen® Predesigned Gene Capture Pools
 ヒトの各遺伝子ごとにプレデザインされたプローブセットです。
 またお手持ちのプローブセットに加えてご使用いただくことや、各遺伝子ごとのプローブを個別に納品することも可能であり、実験目的に柔軟に対応できます。
 ご注文の際にはGene SymbolまたはGene IDをご入力下さい。

パネルサイズ 反応回数
16 rxn 96 rxn
10 ~ 29 genes ¥ 317,900 ¥ 386,400
30 ~ 49 genes ¥ 370,900 ¥ 563,000
50 ~ 99 genes ¥ 397,400 ¥ 827,900
100 ~ 199 genes ¥ 468,000 ¥ 1,324,500
200 ~ 399 genes ¥ 574,000 ¥ 1,931,600
400 ~ 599 genes ¥ 706,400 ¥ 2,649,000
600 ~ 799 genes ¥ 838,900 ¥ 3,366,400
800 ~ 1000 genes ¥ 971,300 ¥ 3,929,400
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プロトコールはこちらのページをご参照下さい。

輸送・保管温度
納品形態 輸送温度 保管温度
チューブ 常温 -20 ℃
プレート 常温 -20 ℃

xGen® Custom Target Capture Probes
目的の領域に合わせたカスタムプローブセットを設計、ご購入頂けます。
xGen®では各プローブを1本ずつ合成しており、ご注文頂いた全てのプローブが正しく合成できている事も確認しています。
価格は、ご注文いただくプローブの本数により変わります。

パネルサイズ 反応数 価格
50 ~ 1,000 プローブ 16 rxn ¥550 / プローブ
1,001 ~ 2,000 プローブ 16 rxn ¥553,000
2,001 ~ 3,000 プローブ 16 rxn ¥719,000
3,001 ~ 4,000 プローブ 16 rxn ¥995,000
4,001 ~ 5,000 プローブ 16 rxn ¥1,220,000
5,001 ~ 6,000 プローブ 16 rxn ¥1,440,000
6,001 プローブ以上 16 rxn お問い合わせ下さい

パネルサイズ 反応数 価格
50 ~ 2,000 プローブ 96 rxn ¥990 / プローブ
2,001 ~ 3,000 プローブ 96 rxn ¥1,990,000
3,001 ~ 4,000 プローブ 96 rxn ¥2,650,000
4,001 ~ 6,000 プローブ 96 rxn ¥3,320,000
6,001 ~ 8,000 プローブ 96 rxn ¥3,980,000
8,001 プローブ以上 96 rxn お問い合わせ下さい
パネルサイズ 反応数 価格
50 ~ 4,000 プローブ 4 x 96 rxn ¥1,300 / プローブ
4,001 ~ 5,000 プローブ 4 x 96 rxn ¥5,310,000
5,001 ~ 7,000 プローブ 4 x 96 rxn ¥6,630,000
7,001 ~ 8,000 プローブ 4 x 96 rxn ¥7,960,000
8,001 プローブ以上 4 x 96 rxn お問い合わせ下さい

参考記事:プローブ法によるターゲットエンリッチメントは、HIVとHTLVプロウイルスのChIP解析を改善する

プロトコールはこちらのページをご参照下さい。

xGen® Lockdown® Panels

xGen® Exome Research Panel
 エクソームシーケンスは、ヒトゲノムのタンパク質をコードするエクソン領域のみを解析する手法です。
 エクソンのサイズは全ゲノムの3%以下ですが、タンパク質に翻訳される領域であることから、疾患に関わる変異の多くがエクソン領域にあると考えられています。
 そのため、エクソームシーケンスは全ゲノムシーケンスよりも格段に低コストでありながら、重要な配列を解析できる効率の良い手法です。

 xGen® Exome Research Panel は39 Mbの領域に対するプローブにより構成され、51 Mbの領域をカバーしております。
 IDTの高品質なプローブ合成法により、従来のエクソームシーケンスでは解析が困難なGCに偏りのある領域等もキャプチャー可能です。

» xGen®製品の特徴はこちら
» 各社Exome Panelとの比較検討実験結果はこちら

パネル名 価格 納期 輸送・保管
16 rxn xGen® Exome Research Panel v1.0 ¥480,000 約1週間 輸送:常温
保管:-20 ℃
96 rxn xGen® Exome Research Panel v1.0 ¥2,400,000
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xGen Exome Research Panel 遺伝子リスト
TXT, 144 KB
xGen Exome Research Panel Probes
BED, 23964 KB
xGen Exome Research Panel Targets
BED, 10954 KB

※プロトコールはこちらのページをご参照下さい。(リンク切れの際も同ページのResourcesからデータをご取得下さい。)

xGen® Acute Myeloid Leukemia Cancer Panel
AML(Acute Myeloid Leukemia:急性骨髄性白血病)に関連する260遺伝子をターゲットにしたプローブセットです。
パネル名 価格 納期 輸送・保管
16 rxn xGen® AML Cancer Panel v1.0 ¥250,000 約1週間 輸送:常温
保管:-20 ℃
96 rxn xGen® AML Cancer Panel v1.0 ¥850,000
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xGen AML Cancer Panel 遺伝子リスト
Excel, 21.7 KB
xGen AML Probes
BED, 554 KB
xGen AML Targets
BED, 251 KB

※プロトコールはこちらのページをご参照下さい。(リンク切れの際も同ページのResourcesからデータをご取得下さい。)

xGen® Pan-Cancer Panel
12種のがんに共通して変異が観察される127遺伝子をターゲットにしたプローブセットです。
 The Cancer Genome Atlas (TCGA)の研究結果によりデザインされており、関連遺伝子を効率よく詳細にシーケンス可能です。

パネル名 価格 納期 輸送・保管
16 rxn xGen® Pan-Cancer Panel v1.5 \240,000 約1週間 輸送:常温
保管:-20 ℃
96 rxn xGen® Pan-Cancer Panel v1.5 \1,440,000
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xGen PAN-Cancer Panel 遺伝子リスト
Excel, 9.55 KB
xGen PAN-Cancer Probes
BED, 565 KB
xGen PAN-Cancer Targets
BED, 132 KB

※プロトコールはこちらのページをご参照下さい。(リンク切れの際も同ページのResourcesからデータをご取得下さい。)

References
  1. SEER Stat Fact Sheets: All Cancer Sites. National Cancer Institute. Surveillance, Epidemiology, and End Results Program. (Accessed Feb 2014.)
  2. Kandoth C, McLellan MD, et al. (2013) Mutational landscape and significance across 12 major cancer types. Nature, 502:333–339
xGen® Inherited Diseases Panel
 HGMD® (Human Gene Mutation Database)に掲載されている遺伝子リストに基づき、遺伝性疾患に関わる11.1 Mbの領域とSNPsをターゲットにしたプローブセットです。

パネル名 価格 納期 輸送・保管
16 rxn xGen® Inherited Diseases Panel v1.0 \240,000 約1週間 輸送:常温
保管:-20 ℃
96 rxn xGen® Inherited Diseases Panel v1.0 \1,440,000
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xGen Inherited Diseases Panel 遺伝子リスト
Excel, 106 KB
xGen Inherited Diseases Probes
BED, 3.30 MB
xGen Inherited Diseases Targets
BED, 1.27 MB

※プロトコールはこちらのページをご参照下さい。(リンク切れの際も同ページのResourcesからデータをご取得下さい。)
xGen® Human ID Research Panel
 ゲノム上の76ヶ所のSNP領域を解析できるヒトDNAの識別用に設計されたプローブセットです。
特に多検体を扱う実験の際に、サンプルの取り違え等のミスがないことを確認でき、実験の精度がより高くなります。
また、腫瘍/正常シーケンスのサンプルの区別や、長期的な実験におけるサンプルの状態変化の確認も可能です。

パネル名 価格 納期 輸送・保管
16 rxn xGen® Human ID Research Panel v1.0 ¥35,000 約1週間 輸送:常温
保管:-20 ℃
96 rxn xGen® Human ID Research Panel v1.0 ¥95,000
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xGen Human ID Research Panel 遺伝子リスト
List, 5.89 KB
xGen Human ID Research Probes
BED, 9.23 KB
xGen Human ID Research Targets
BED, 2.90 KB

※プロトコールはこちらのページをご参照下さい。(リンク切れの際も同ページのResourcesからデータをご取得下さい。)

xGen® Human mtDNA Research Panel
16 kbのヒトミトコンドリアDNAを網羅的に解析可能なプローブセットです。ミトコンドリアDNAに存在する学習障害、神経疾患、心臓疾患などの症状に関連する変異を解析できます。
パネル名 価格 納期 輸送・保管
16 rxn xGen® Human mtDNA Research Panel v1.0 ¥35,000 約1週間 輸送:常温
保管:-20 ℃
96 rxn xGen® Human mtDNA Research Panel v1.0 ¥95,000
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xGen Human mtDNA Research Probes
BED, 6 KB
xGen Human mtDNA Research Targets
BED, 6 KB

※プロトコールはこちらのページをご参照下さい。(リンク切れの際も同ページのResourcesからデータをご取得下さい。)
xGen® CNV Backbone Panel—Tech Access
ヒトゲノム全体のCNV(コピー数多型)を解析するプローブセットです。
約0.34 Mbごとにプローブを設計し、検出を行います。

パネル名 価格 納期 輸送・保管
xGen® CNV Backbone Panel—Tech Access, 16 rxn ¥55,134 約1週間 輸送:常温
保管:-20 ℃
xGen® CNV Backbone Panel—Tech Access, 96 rxn ¥220,536
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xGen CNV Backbone Panel target SNPs
BED, 356 KB
xGen CNV Backbone Panel probes
BED, 444 KB

※プロトコールはこちらのページをご参照下さい。(リンク切れの際も同ページのResourcesからデータをご取得下さい。)

xGen® Universal Blocking Oligos

 xGen® Universal Blocking OligosはHPLC精製された高品質オリゴで、3’末端のC3スペーサー付加など非特異な配列の結合・増幅を防ぐ修飾がされております。 アダプター配列中のインデックス部分には、イノシン塩基が結合するよう設計されておりますので、マルチプレックス実験にも対応可能です。 » 詳細はこちら

■Blocking Oligosの模式図

» Blocking Oligos の特徴はこちら


■xGen® Universal Blocing Oligosを用いると、様々な条件でオンターゲット率が改善されます。
図1. xGen® Universal Blocing Oligosによるオンターゲット率の向上
(A)TruSeq Exome Library Prep Kit(Illumina)を用いて細胞株NA12878(Coriell)からDNAライブラリーを調製し、xGen AML Cancer Panel 1.0とxGen Universal Blockers-TS Mixを使用して、シングルとマルチプレックスのそれぞれでエンリッチメントを行いました。 シーケンスはMiSeq®(Illumina)を用いて、2×150 bpのペアエンドで行い、 オンターゲット率は各実験の結果を平均した値を示しました。
(B)Nextera DNA Library Preparation Kit for Enrichment(Illumina)を用いて細胞株NA12878(Coriell)からDNAライブラリーを調製し、xGen Exome Panel、xGen AML Cancer Panel、xGen Human ID Research Panelの何れかとxGen Universal Blockers-NXT Mixを使用して、シングルとマルチプレックスのそれぞれでエンリッチメントを行いました。 シーケンスはNextSeq®(Illumina)を用いて、2×75 bpのペアエンドで行い、オンターゲット率は各実験の結果を平均した値を示しました。


■各シーケンサーに対するBlocking Oligosをご用意しています。
Illumina社シーケンサーをご使用の方は、TruSeq用もしくはNextera用からお選び下さい。
Thermo Fisher Scientific社シーケンサーをご使用の方は、Ion Torrent用からお選び下さい。
別途Custom xGen® Blocking Oligosもご用意しておりますので、その他のシーケンサーや特殊なアダプターオリゴをご使用の方は、Japan-cc@idtdna.comまでお問い合わせ下さい。


■プロトコールはこちらのページからご取得下さい。
xGen® Universal Blockers - TS Mix
 Illumina社のTruSeqキットに対応したBlocking Oligoセットです。本製品には、シングルインデックス用ブロッキングオリゴ(6nt及び8nt用)とデュアルインデックス用のブロッキングオリゴが含まれているため、どちらのタイプでも対応出来ます。
製品名 価格 カタログ番号 納期 輸送・保管
xGen® Universal Blockers - TS Mix, 16 rxn ¥92,500 1075474 約1週間 輸送:常温
保管:-20 ℃
xGen® Universal Blockers - TS Mix, 96 rxn ¥450,000 1075475
xGen® Universal Blockers - TS Mix, 4 x 96 rxn ¥1,650,000 1075476
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対応インデックス塩基長を10 bpにしたブロッキングオリゴです。Illumina社のTruSeqキットに対応しています。
製品名 価格 カタログ番号 納期 輸送・保管
xGen® Universal Blockers—10 bp TS Mix, 16rxn ¥104,472 1081100 約1週間 輸送:常温
保管:-20 ℃
xGen® Universal Blockers—10 bp TS Mix, 96rxn ¥508,244 1081101
xGen® xGen® Universal Blockers—10 bp TS Mix, 4x96rxn ¥1,863,560 1081102
  » ご注文方法はこちら
xGen® Universal Blockers - NXT Mix
 Illumina社のNexteraキットに対応したBlocking Oligoセットです。
製品名 反応数 価格 カタログ番号 納期 輸送・保管
xGen® Universal Blockers - NXT Mix 16 反応分 ¥92,500 1079584 約1週間 輸送:常温
保管:-20 ℃
96 反応分 ¥450,000 1079585
384 反応分 ¥1,650,000 1079586
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Blocking Oligos for Ion Torrent Adapters
 Ion Torrentシーケンサーに対応したブロッキングオリゴになります。  P1とAを1本ずつお選び下さい。
製品名 反応数 価格 カタログ番号 納期 輸送・保管
xGen® Universal Blocking Oligo - IT-P1 10 反応分 \30,000 1016189 約1週間 輸送:常温
保管:-20 ℃
25 反応分 \60,000 1016190
xGen® Universal Blocking Oligo - IT-A 10 反応分 \30,000 1016191
25 反応分 \60,000 1016192
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xGen® Hybridization and Wash Kit

キャプチャープローブを用いたターゲットエンリッチメントの工程に必要な、各種バッファー、Cot DNA、ストレプトアビジンビーズのセットです。
製品名 価格 カタログ番号 納期
xGen® Hybridization and Wash Kit, 16 rxn ¥32,530 1080577 約1週間
xGen® Hybridization and Wash Kit, 96 rxn ¥173,480 1080584
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»詳しくはこちらをご覧下さい。

輸送・保管温度
内容品 輸送温度 保管温度
ストレプトアビジン以外 (BOX1) -20 ℃ -20 ℃
ストレプトアビジン (BOX2) 常温 4 ℃
※ストレプトアビジンのみ4℃での保管となります。ご注意下さい。


xGen® Library Amplification Primer Mix

xGen® Library Amplification Primer Mixは、Illumina P5およびP7アダプター配列に相補的なプライマーセットです。これらプライマーはxGen Lockdown ProbesおよびPanelsを使用したエンリッチメント後のPCRに必要になります。またIlluminaプラットフォームのP5/P7配列を持つ各ライブラリに使用することが出来ます。本製品は、各プライマーが溶液中に混合済みの状態で納品され、16、96、192反応分の製品をご用意しております。

製品詳細
xGen® Library Amplification Primer Mixは、IDTEバッファー(10 mM Tris, 0.1 mM EDTA)pH 8.0の溶液中に、各プライマーが20 µMの濃度で溶解されています。–15°C ~-25°Cでの保存を推奨します。

本製品は、xGen Lockdown ProbesおよびPanelsによるエンリッチメント後のPCR用に設計されておりますが、IlluminaプラットフォームのP5/P7配列を持つ各ライブラリに使用することが出来ます。IDT社プロトコール以外で使用する場合、各社製品のプロトコールに従ってご使用下さい。

製品名 価格 カタログ番号 納期 輸送・保管
xGen® Library Amplification Primer Mix, 16 rxn ¥900 1077675 約1週間 輸送:常温
保管:-20 ℃
xGen® Library Amplification Primer Mix, 96 rxn ¥4,520 1077676
xGen® Library Amplification Primer Mix, 192 rxn ¥7,680 1077677
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ご注文方法について


その他 Custom Panel等のご注文に関しましては、下記メールアドレス宛に詳細をお知らせ下さい。
ご注文・お問い合わせ
To:japan-cc@idtdna.com  






関連情報まとめ



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xGen® Dual Index UMI Adaptersによるインデックスホッピングの解消と低頻度変異の検出
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xGen® Lockdown® Probesを用いたFFPEサンプルのDNAエンリッチメント
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論文紹介 (Citations)



Q&A


プロトコール等に関するQ&A
Q. 推奨プロトコールはありますか?
A. こちらをご参照下さい。
※ 各ページ最下部「Resources」タブ内にございます。

Q. どのような実績がありますか?
A. IDT社グローバルサイトにご紹介しております。
http://sg.idtdna.com/pages/decoded/decoded-articles/ngs

Q.FFPEサンプルに関する情報はありますか?
A. 下記の記事をご参照下さい。(日本語)
xGen Lockdown Probesを用いたFFPEサンプルのDNAエンリッチメント

Q.xGen® Dual Index UMI Adaptersのプロトコールはありますか?
A. 現時点ではご用意はございません。
IDTから提供されるのはY字型のアダプターのみのため、お手持ちのライブラリ調製試薬に合わせてご使用下さい。
試薬のご確認等、ご不明な点はJapan-cc@idtdna.comまでお問い合わせ下さい。


実験試薬に関するQ&A
Q.xGen®製品で実験を行うにあたり、必要な試薬はどれですか?
A. エンリッチメントを行う際は、プローブ、ブロッキングオリゴ、バッファーセットが必要となります。IDTより提供しておりますので、詳細はプロトコールをご確認下さい。

Q. ライブラリ調製試薬の推奨はありますか?
IDTよりLotus DNA Library Prep Kitを販売しておりますので、ぜひこちらもご参照下さい。

Q.xGen® Probesは他社のバッファーセットで使用できますか?
A. NimbleGen® SeqCap® EZ Reagent Kit (Roche) および SureSelect® Reagent Kit (Agilent)は使用できることを確認しております。
ただし、SureSelect® Reagent Kitはターゲットゲノム領域のA/Tが70%を超える場合、推奨しておりません。
また、xGen® Probeを使用する際は、xGen® Hybridization and Wash Kitを使用すると最も効率が良くなります。
その他のReagent Kitを確認したい場合は、テクニカルサポートまで別途お問い合わせ下さい。

テクニカルサポート:japan-cc@idtdna.com


xGen®の実験操作に関するQ&A
Q.ハイブリダイゼーションは4時間以上行っても大丈夫ですか?
A. 65℃で最大16時間まで影響がございません。ただし溶液が少しでも蒸発すると結果に影響がありますので、蒸発しないようにご注意下さい。

Q.プロトコールにDynabeads® M-270 Streptavidinを使用するよう記載がありますが、その他のビーズは使用できますか?
A.推奨していません。社内実験で各ビーズの使用を検討しましたが、Dynabeads® M-270 Streptavidin以外のビーズはワークしないケースがあったためです。

Q.マルチプレックスの数は最大何種類対応可能ですか?
A. 必要なデータ量やシーケンサーのスペックを満たしている場合、384 indexでも対応可能です。 ただし10 index以上の場合は、ドライダウンに時間がかかる、ドライダウン後のサンプルが溶解しにくい等のケースもございます。


xGen® Custom Target Capture Probesに関するQ&A
Q. xGen® Custom Target Capture Probesのデザインツールはありますか
A. こちらにございますのでお使いください。現在のところリピート配列を除去するアルゴリズム等は含まれておりませんので、その点はご注意下さい。
https://sg.idtdna.com/site/order/ngs

使い方が分からない場合は、お気軽にお問い合わせ下さい。
japan-cc@idtdna.com

Q. プローブの長さを変更することはできますか?
A. xGen® Custom Target Capture Probesでは、60~120 merまで変更可能です。120 merで設計することで、寛容できる変異の塩基数を増やすことができ、また必要なプローブ数を減らしコストが下がりますので、120merをお勧めしています。

Q. プローブのデザインをお願いすることはできますか? デザイン費用はかかりますか?
A. 無償でデザインいたしますので、お気軽にご相談下さい。
デザインの複雑さや量・混雑具合によって前後しますが、通常は1週間程度、回答にお時間を頂きます。

ご依頼の際はターゲット配列の情報を記載の上、下記アドレスまでご連絡下さい。
Japan-cc@idtdna.com

Q. 数本のプローブのみでオーダー注文できますか?
A. プローブはビオチン修飾Ultramer(4 nmol・脱塩)とほぼ同等ですので、ビオチン修飾をして頂いたUltramerで代用可能です。ただし数本のプローブのみでキャプチャーした場合は、結果が不安定になる傾向があります。
http://sg.idtdna.com/jp/site/Ultramer.html

Q. 120 merの1x tilingで正確なデータが取れるのですか?
A. プローブが確実に合成できていることを確認しているので、プロトコール通りに実験を行って頂ければ確実にエンリッチできます。
詳細はxGen®製品の特徴ページをご覧下さい。
ただし、非常に狭いターゲット(10Kb以下)や、変異を確実にキャプチャーしたい場合は2x tilingをご提案する場合もございます。

Q.xGen 1 rxn分で、最大何サンプルの処理が可能ですか?
A. IDTでは最初の検討として、1 rxnあたり最大12サンプルのマルチプレックスによるキャプチャーを推奨しております。そのため16 rxn分をご購入頂けますと、16 rxn X 12サンプル = 192サンプルの処理が可能です。

マルチプレックスに関しては、下記に詳しく解説しておりますので、ぜひこちらもご参照下さい。
NGSコスト削減のためのマルチプレックスとキャプチャープローブの利用方法


xGen® Predesigned Gene Capture Poolsに関するQ&A
Q.xGen® Predesigned Gene Capture Poolsで対応できる遺伝子はどのくらいですか?
A. ヒトコーディング領域を対象とした遺伝子をすべて網羅しております。

Q. プローブの配列データは何のデータベースを参照していますか?
A. GRCh37/hg19です。

Q. xGen® Predesigned Gene Capture Poolsのターゲットとデザインを確認することはできますか?
A. 可能です。下記ページの1-6.まで進めていただくとデータが取得できます。
http://sg.idtdna.com/jp/site/How_to_order_ngs_Pools.html

確認の際にIDTサイトへのログインが必要になりますので、新規登録がお済みでない方は、こちらより新規登録をお願い致します。
http://sg.idtdna.com/jp/site/How_to_log-in.html

保管や納品後のプローブ情報に関するQ&A
Q.プレート納品でプローブを購入したのですが、wellにどのプローブが入っているかわかりません
A. スペックシートをダウンロードして頂くと、F列の遺伝子名に対応して、U列にwell positionが表記されております。

Q.スペックシートに何も記載されていません
A. xGenは他の製品のように、合成情報のご案内が対応出来ていない点がございます。ご不便をお掛け致しまして、大変申し訳ございません。ターゲットやプローブの情報は、ご注文時のステップで取得可能です。