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PrimeTime®リアルタイムPCR用プローブ合成サービス

PrimeTime®製品を用いることで今まで高価だったリアルタイムPCR - ハイブリダイゼーション法(プローブ法、 5' Nuclease Assay法)を比較的安価に行う事ができます。
インターカレーション法と異なり特異性が高いため、融解曲線を描いたり、PCR後のサンプルを電気泳動する必要もありません。
遺伝子発現解析において、最も確実な手法です。

現在行なっている発現解析との比較検討のために、PrimeTime®製品の初回発注お試し無償サンプル提供も可能です。ぜひ一度お問い合わせ下さい。
PrimeTime® 5' Nuclease Assayの原理
Prime Time Assay原理1 プライマーとプローブは、配列依存的にDNA配列に相補結合します。
この状態ではプローブは分解されていないため、蛍光色素とクエンチャーは接近して存在しています。
蛍光色素から発せられる蛍光は、クエンチャーに吸収されています。
Prime Time Assay原理2 ポリメラーゼがプライマーから伸長し、DNA合成が開始されます。
Prime Time Assay原理3 ポリメラーゼがプローブのところに来ると、エキソヌクレアーゼ活性により、相補結合しているプローブを分解します。
Prime Time Assay原理4
プローブが分解されると、蛍光色素はクエンチャーから離れます。
クエンチャーとの距離が大きくなるため、クエンチャーによる吸光が制限され、蛍光がリアルタイムPCR装置によって検出されるようになります。

サービス概要
PrimeTime®では、下記情報が一つでも決まっていれば、必要なプライマー及びプローブを合成する事が出来ます。
  1. お客様の合成したい配列
  2. 発現を見たい遺伝子
  3. 発現を見たいターゲット領域の配列
  4. 確認したいSNPs (4.LNA probe)

合成サービス一覧
  • PrimeTime® qPCR Assays
    フォワードプライマー(以下 Fwプライマー)、リバースプライマー(以下 Rvプライマー)、プローブの3点を1つのチューブに入れて納品します。
  • PrimeTime® qPCR Probes
    プローブのみを納品します。
  • PrimeTime® qPCR primers
    インターカレーター法での検出用です。Fwプライマー、Rvプライマーのみを1つのチューブに入れて納品します。
  • LNA PrimeTime® Probes
    SNPs検出用などLNA塩基を含むプローブのみを納品します。
  • PrimeTime® Gene Expression Master Mix
    プローブ法用のマスターミックスで、PrimeTimeはもちろん、他社様のプローブでもご使用頂けます。
サービスの特徴
ダブルクエンチャー
ダブルクエンチャー図 IDTでは、よりシグナルを増幅させ、またバックグラウンドを軽減させる「ダブルクエンチャーシステム」を採用しています。
これまでは、5'末端と3'末端に蛍光色素とクエンチャーを用いる事が一般的でしたが、ダブルクエンチャーシステムでは、5'末端から9塩基と10塩基の間にZENやTAOというクエンチャーを付加しています。
これにより、プローブの消光作用がより大きくなるため、顕著にバックグラウンドが軽減します。また、プローブが長くなりがちなAT-rich領域へのプローブ作製も容易になりました。
»さらに詳しく
Mini合成スケール
IDTでは、ご利用頂きやすい小さなスケールで合成を行っております。
5'FAM/ZEN/3'IBFQ 100回分(20 µL反応系)プローブが\10,000、アッセイは\12,000でお求め頂け、大変安価にプローブ法で実験を行う事ができます。
プレデザイン
ヒト・マウス・ラットでは、遺伝子ごとに配列をプレデザインしたアッセイを簡単に検索・ご購入いただけます。(アッセイ検索が可能です。)
そのため、Accession NO のみで注文が可能です。
受注時に配列開示はしておりませんが、納品時には同封されるデータシートに3本のプライマー・プローブの配列情報が記載されています。
>> ご注文方法はこちら

すでにお持ちの配列から簡単に設計するツールもございます。
>> PrimerQuestの使い方
初回割引
初めてPrimeTimeをご利用頂いた方にもれなくminiスケール分(プローブ:\10,000、アッセイ:\12,000)の割引を行っております。初回のご利用であれば、他の条件はございません。
※ウェブサイトからご注文頂いた場合、ウェブサイト上では値引きは適用されておりませんが、追ってお送りする日本語の確認書にて割引後の価格をご案内させて頂きます。
初回サンプルのご依頼方法

初回サンプルをご依頼の方は、PO Num. に「"PrimeTimeSample"+"日付"」を入力して下さい。
例えば、8/7にオーダーする場合は、「PrimeTimeSample0807」となります。

Probeであれば、10,000円を。Assaysであれば、12,000円をお値引きさせて頂きます。(※ともに税別)
日本独自の値引きのため、価格はWebsiteに反映されません。注文の翌営業日までにお送りする確認書もしくは、代理店様からのお見積書にて価格をご確認下さい。
また、値引きが適用されていない場合は、Japan-cc@idtdna.comまでご連絡下さい。

PO Num. の入力方法は、こちらをご参照下さい。

PrimeTime® qPCR Assays 価格・納期

納品形態: Primer2本+Probe1本を、1本のチューブに入れて納品
精製グレード: Probe - HPLC精製、Primer - 脱塩
納期: 5~10営業日

プレデザイン
ヒト・マウス・ラットについては、IDTでプレデザインしたアッセイを簡単に検索・ご購入いただけます。(アッセイ検索が可能です。)
Accession NO (Refseq Database NO) や遺伝子名だけでご購入いただけます。 ご発注時には配列を開示しておりませんが、納品時には同封されるデータシートに3本のプライマー・プローブの配列情報が記載されています。
カスタム
プローブ、プライマー2本の配列をそれぞれ入力してください。

■色素・価格表
5'DyeQuencher合成スケール
MiniStandardXL
FAMZEN/IBFQ\12,000\18,000\54,000
TAMRA-\23,000\62,000
TETZEN/IBFQ-\23,000\62,000
HEXZEN/IBFQ-\23,000\62,000
Cy5IBRQ-\23,000\62,000
Probe納品量0.5 nmole2.5 nmole12.5 nmole
Primer納品量1.0 nmole5.0 nmole25.0 nmole
反応回数(20 µL反応系)100回500回2,500回
・Primerの量は、Standardの場合2.5~10 nmolの範囲で、XLの場合12.5~50 nmoleの範囲で指定可能です。
※ 例えばddPCRでは、プライマー:プローブ=4:1をお勧めしています。なお、Miniスケールでは、Probe/Primer量は変更できません。

・Probeの長さは、15~35 basesです。それ以外の長さは、お問合せ下さい。

* IBFQ: Iowa Black® FQ, IBRQ: Iowa Black® RQ, BHQ1: Black Hole Quencher® 1, BHQ2: Black Hole Quencher® 2
>> クエンチャーについて


■24種以上ご注文の場合プレート納品も可能です。

PrimeTime® qPCR Probes 価格・納期

納品形態: Probeのみ納品
精製グレード: HPLC精製
納期: 5~10営業日
5'DyeQuencher合成スケール
MiniEco100 nmole250 nmole1 µmole
FAMZEN/IBFQ\10,000\15,000\26,000\42,000\64,000
TAMRA--\30,000\42,000\64,000
BHQ1--\30,000\42,000\64,000
TETZEN/IBFQ--\38,000\54,000\80,000
BHQ1--\38,000\54,000\80,000
HEXZEN/IBFQ--\38,000\54,000\80,000
BHQ1--\38,000\54,000\80,000
Yakima YellowZEN/IBFQ--49,000\70,000\104,000
納品量0.5 nmole2.5 nmole10 nmole 以上25 nmole 以上50 nmole 以上
反応回数(20 µL反応系)100回500回2,000回以上5,000回以上10,000回以上
5'DyeQuencher合成スケール
MiniEco100 nmole250 nmole1 µmole
MAX NHS EsterZEN/IBFQ--\89,000\103,000\153,000
BHQ1--\89,000\103,000\153,000
Cy3IBRQ-- \45,000 \52,000 \95,000
BHQ2-- \69,000 \79,000 \120,000
TYE563IBRQ-- \63,000 \73,000 \133,000
BHQ2-- \89,000 \103,000 \153,000
TEX615IBRQ-- \63,000 \73,000 \133,000
BHQ2-- \89,000 \103,000 \153,000
Cy5 TAO/IBRQ-- \45,000 \52,000 \95,000
IBRQ-- \45,000 \52,000 \95,000
BHQ2-- \69,000 \79,000 \120,000
TYE665IBRQ-- \63,000 \73,000 \133,000
BHQ2-- \89,000 \103,000 \153,000
FAMTAMRA NHS Ester--- \90,000 \128,000
JOE NHS EsterZEN/IBFQ--- \70,000 \104000
BHQ1--- \76,000 \115,000
TAMRA NHS EsterIBRQ--- \69,000 \103,000
BHQ2--- \91,000 \139,000
ROX NHS EsterIBRQ--- \69,000 \103,000
BHQ2--- \91,000 \139,000
Texas Red-X NHS EsterIBRQ--- \69,000 \103,000
BHQ2--- \91,000 \139,000
納品量--2 nmole 以上8 nmole 以上20 nmole 以上
反応回数(20 µL反応系)--400回以上1,600回以上4,000回以上
・Probeの長さは、15~35 basesです。それ以外の長さは、お問合せ下さい。

* IBFQ: Iowa Black® FQ, IBRQ: Iowa Black® RQ, BHQ1: Black Hole Quencher® 1, BHQ2: Black Hole Quencher® 2
>> クエンチャーについて

PrimeTime® qPCR Primers 価格・納期

納品形態: Primer2本を1本のチューブに入れて納品
精製グレード: 脱塩
納期: 5~10営業日

プローブを必要としない、インターカレーター法用のプライマーです。プレデザインされたアッセイを検索できるため、ご自身でプライマーの設計を行う必要がありません。そのため、非常に簡便に特定遺伝子に対するプライマーをおご注文頂けます。(アッセイ検索はヒト・マウス・ラットに対してのみ可能です。)

価格Primer 納品量反応回数
\9,0005 nmole500回 (20 µL反応系)
・納品されるPrimerは、同じID番号のPrimeTime® qPCR Assayの2本のPrimerと同じ配列です。

»ご注文方法はこちらをご参照下さい。

LNA PrimeTime® Probes 価格・納期

納品形態: LNA塩基を含むProbeのみを納品
精製グレード: HPLC精製
納期: 5~10営業日

PrimeTime® qPCR Probe にLNA(Locked Nucleic Acids)を組み入れる事も出来ます。
LNAは、プローブがターゲットに100%一致する場合には、Tm値を著しく上げるため、LNA PrimeTime® Probe(以下 LNA probe)は、PrimeTime® qPCR Probe(以下 DNA probe)よりも短くなります。短いプローブは、消光作用とS/N比が良くなり、感度が改善されます。また、ミスマッチがある場合には、プローブのTm値は著しく下がります。
以上から、LNA probeを用いる事により、変異あるいはSNPs(singlenucleotide polymorphisms)の判別能力が改善されると考えられています。

IDTでは、ターゲットのSNPを配列の中央にし、3-5個のLNAをprobeに組み入れることをお勧めしております。
安価なMini scaleもございますので、是非一度設計した配列をお試し下さい。

>> LNAの設計方法はこちらをご参照下さい。

※LNAのデザインも承りますので、お気軽にお申し付け下さい。(種名、SNPを中心とした前後200 bpの配列、及びアレル情報があればデザイン可能です。)

LNA 注文
>> ご注文  (IDTウェブサイト)
>> ご注文方法 
LNAデザイン依頼
To:japan-cc@idtdna.com  

5'Dye3'Quencher合成スケール
Mini250 nmole1 µmole
FAMIBFQ\22,000\66,000\92,000
BHQ1-\73,000\102,000
HEXIBFQ\23,000\69,000\96,000
BHQ1-\76,000\106,000
Yakima YellowIBFQ\27,000\90,000\125,000
納品量0.5 nmole8 nmole以上20 nmole以上
反応回数(20 µL反応系)100回1,600回以上4,000回以上
5'Dye3'Quencher合成スケール
Mini250 nmole1 µmole
Cy3IBRQ- \95,000 \133,000
BHQ2- \114,000 \162,000
TYE563IBRQ- \131,000 \184,000
BHQ2- \145,000 \203,000
TEX615IBRQ- \136,000 \191,000
BHQ2- \150000 \210,000
Cy5IBRQ- \97,000 \136,000
BHQ2- \116,000 \165,000
TYE665IBRQ- \131,000 \184,000
BHQ2- \145,000 \203,000
納品量-4 nmole以上10 nmole以上
反応回数(20 µL反応系)-800回以上2,000回以上

* IBFQ: Iowa Black® FQ, IBRQ: Iowa Black® RQ, BHQ1: Black Hole Quencher® 1, BHQ2: Black Hole Quencher® 2
>> クエンチャーについて

LNA PrimeTime® Probes受注可能条件
1. 5'末端に蛍光色素、3'末端にクエンチャーがあるプローブ
2. 塩基数:10 ~ 25 bases
3. LNA: 1 ~ 6個

※2,3を満たさない場合でも特別注文で承ることが可能です。合成できるかどうか、まずはお問い合わせ下さい。
LNAはライセンス上、プローブ形式でなければ合成いただけません。ご了承ください。

特別注文について
1. 最小合成スケール:250nmole
2. 保証収量が小さくなります
3. 特別注文費用が掛かります。

Moleacular Beacons 価格・納期

納期: 約10営業日

2次元構造(ヘアピン構造)をとるオリゴヌクレオチドで、ヘアピン構造によって蛍光色素とクエンチャーを近接させて消光させます。


FluorophoreQuencher保証収量価格
FAM Dabcyl10 nmole\64,400
40 nmole\92,500
IBFQ10 nmole\68,400
40 nmole\100,600
TETIBFQ10 nmole\80,800
40 nmole\118,800
HEXIBFQ10 nmole\85,400
40 nmole\125,700
TYE563 IBRQ 5 nmole \118,300
20 nmole \171,400
TYE665 IBRQ 5 nmole \116,700
20 nmole \176,200

* IBFQ: Iowa Black® FQ, IBRQ: Iowa Black® RQ, BHQ1: Black Hole Quencher® 1, BHQ2: Black Hole Quencher® 2
>> クエンチャーについて

クエンチャー(Quenchers)とは

一般にFRET (Fluorescence Resonance Energy Transfer)と言えば、近接する2つの蛍光物質間において、励起された蛍光物質(ドナー)のエネルギーがもう一方の蛍光物質(アクセプター) を励起するという現象です。
一方クエンチング(消光作用)とは、アクセプターが受けとったエネルギーを、検出範囲外の光エネルギーや熱エネルギーとして放出する現象で、クエンチングを行う物質をクエンチャーと呼びます。
また、Iowa Black®などの熱エネルギーとして放出するタイプのクエンチャーはダーククエンチャーと呼ばれ、光を発しないためよりバックグラウンドを抑えることが出来ます。

ダーククエンチャー例:Dabcyl、Black Hole Quencers®(BHQ1、BHQ2)、Iowa Black®FQ、Iowa Black®RQなど

FRETにおけるエネルギー移動の効率は、蛍光体とクエンチャーとの距離ならびに蛍光物質の発光スペクトルとクエンチャーの吸収スペクトルの重なりに依存します。(上図)
IDTの開発したIBFQとIBRQは、赤色領域の蛍光色素も消光できます。

各クエンチャーの特徴
Iowa Black® (IB)
IDT社独自のクエンチャーのため安価です。
次に記載のBlack Hole Quencher®と同様の性能を持つダーククエンチャーです。
短波長側のIBFQ(FAMなどとの組み合わせに使用)、長波長側のIBRQ(Cy5などとの組み合わせに使用)があります。

Black Hole Quencher® (BHQ)
よく利用されているダーククエンチャーです。
短波長側のBHQ1、長波長側のBHQ2があります。
論文の追試用などでご要望の場合にこのクエンチャーを使ったプローブを提供しています。
しかし、BHQをご希望の場合でも、価格の面などからIBFQ/IBRQを使用することをお勧めしています。

TAMRA
Taqmanプローブ開発時から使われているクエンチャーです。
TAMRAは蛍光を発しますので、TAMRAをご希望のお客様にもIBFQをお勧めしています。

おすすめ ZEN/IBFQ, TAO/IBFQ,のダブルクエンチャー
3'側のクエンチャーに加え、プローブ内にZENやTAOというクエンチャーを付加した、IDT社オリジナルのクエンチャー形態です。
インターナルクエンチャーの存在により、消光反応が強くなり、より蛍光のバックグラウンドを抑えます。
»さらに詳しく

蛍光色素とダブルクエンチャー
















PrimeTime の選択手順

 
   
 
 


注文方法

IDTウェブサイトよりお申し込みください。

また、合成開始前に見積書が必要な場合は、「Request Quote」とご記入ください。
必ず英語でのご記入をお願いいたします。
すでに配列を設計されている場合
カスタム(Assays / Probes)
Fw: ATGCCCTA...
Rv: TTACGGAT...
Probe: GCGGTAGA...
>> ご注文  (IDTウェブサイト)
>> ご注文方法
プレデザイン(Assays / Primers)
5'-Mm,PT,00a,0100203-3'
5'-Mm,PT,40a,0100203g-3'
    :
>> ご注文 (IDTウェブサイト)
>> ご注文方法
Accession NO.が決まっている場合
Accession NO.(Assays)
NM_000008
NM_000009
    :
>> ご注文 (IDTウェブサイト)
>> ご注文方法
発現解析を行いたい領域の配列が決まっている場合(配列設計に1-4営業日かかります)
Region(Assays / Probes)
Non coding 114
atgctcggctctagcatgacaga
ctacgtacaatcgaaagctg...
その他につきましては、メールにてお問い合わせ下さい
japan-cc@idtdna.com

Q & A