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PrimeTime プレデザインの注文方法について

ウェブサイトから発注の流れ

発注の流れ

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プレデザイン Assaysの発注を行う方法

1-1. http://sg.idtdna.com/site(IDTウェブサイト)を訪問し、ログインを行います。
1-2. ログイン完了後、国旗を「日本」に変換し、続いて[Order Menu]のタブをクリックして下さい。
① ログイン状態の確認② 国旗の変更(日本のポータルサイトへの移動)③ [Order Menu]のタブをクリック
1-3. Order Menu ページの [Predesigned qPCR Assays]をクリックして下さい。
[Predesigned qPCR Assays]をクリック
1-4. Assay を検索します。
  ※[Assay ID]がわかっていて、且つ複数ある場合は2-1項(Batch方式)をご覧下さい。

① [Basic]になっていることを確認します。
② [Gene Symbol]または[RefSeq]または[Assay ID]のキーワードを入力します。
(どれか一つ以上で検索できます。)

[Gene Symbol]…HGNCで認可された遺伝子名と遺伝子シンボル。NCBIのデータベースやEntrez Geneで登録された遺伝子名(例 HPRT1)
[RefSeq]…NCBIが提供するReference Sequence。
*RefSeq IDでの検索が有効です(例 NM_000194)。
[Assay ID]…IDTのPrime Time Assay ID(例 Hs.PT.58.2145446)。


③ [Species]生物種を 選択します。


④ [Default Assay Configuration] 検出方法を選択します。
[5’ nuclease, probe included]…プローブ法(PCR-ハイブリダイゼーション法)
[Intercalating dyes, primers only]…インターカレーター法



⑤ [Exact Match]のチェックを確認してください。
Gene SymbolやRefSeqの一部しかわからない場合は、チェックをはずすことで曖昧な検索ができます。

⑥ [Search]のタブをクリックしてください。


1-5. 検索結果が表示されます。

① 合成スケール、色素、PrimerとProbeの比率を変更したい場合は、[Assay Configuration]列の[Std, FAM/ZEN/IBFQ, P:P2]をクリックします。
変更がない場合は、1-5.⑤へお進みください。


② 下記ウィンドウが開きますので、[Scale]、[Dye-Quencher Mod]、[Primer to Probe Ratio]を選択します。
*[Primer to Probe Ratio]はPrimerとProbeの比率のことで、通常は2:1になっています。
例えば、ddPCRで4:1するなど、用途に合わせた比率に変更することができます。


③ 全てのセットを同じ条件に変更する場合はチェックを入れます。選択した行のセットのみ変更する場合はチェックを外します。
④ [Save Changes]のタブをクリックします。

⑤ 購入したいセットにチェックを入れます。
 左上のマスにチェックを入れると一括で全ての行をチェックすることができます。
 >> 複数のSearch結果から選択するときのポイント
 >> Assay IDに含まれる情報
 >> Search結果の補足(Variantion、Location情報)
 >> 複数のAssay IDが表示された際の選択例



⑥ [Add to Order]のタブをクリックします。
 
※ 配列情報は納品時に同梱されるSpec Sheetに記載されます。
1-6. [Add To Order]をクリックした場合は、[Shopping Cart]にDNAが入ります。 この状態でも、注文を変更する事が出来ます。

ショッピングカート以降はこちら ▶


2-1. [Assay ID]がわかっていて、且つ複数ある場合(Batch方式)
① [Batch]をクリックします。
② 入力形式は [Assay ID]を選択します。
 [Assay ID]…IDTのPrime Time Assay ID(例 Hs.PT.58.2145446)。
 >> Assay IDに含まれる情報


③ [Search Field]に[Assay ID]を入力します。


④ [Species]生物種は 選択しなくても検索できます。


⑤ [Default Assay Configuration] 検出方法を選択します。
[5’ nuclease, probe included]…プローブ法(PCR-ハイブリダイゼーション法)
[Intercalating dyes, primers only]…インターカレーター法



⑥ [Exact Match]をチェックしていることを確認してください。

⑦ [Search]のタブをクリックしてください。


2-2. 検索結果が表示されます。


① 合成スケール、色素、PrimerとProbeの比率を変更したい場合は、[Assay Configuration]列の[Std, FAM/ZEN/IBFQ, P:P2]をクリックします。
変更がない場合は、2-2.⑤へお進みください。


② 下記ウィンドウが開きますので、[Scale]、[Dye-Quencher Mod]、[Primer to Probe Ratio]を選択します。
*[Primer to Probe Ratio]はPrimerとProbeの比率のことで、通常は2:1になっています。
例えば、ddPCRで4:1するなど、用途に合わせた比率に変更することができます。


③全てのセットを同じ条件に変更する場合はチェックを入れます。選択した行のセットのみ変更する場合はチェックを外します。

④[Save Changes]のタブをクリックします。

⑤ 購入したいセットにチェックを入れます。
 左上のマスにチェックを入れると一括で全ての行をチェックすることができます。


⑥ [Add to Order]のタブをクリックします。
 配列情報は納品時に同梱されるSpec Sheetに記載されます。


2-3. [Add To Order]をクリックした場合は、[Shopping Cart]にDNAが入ります。

ショッピングカート以降はこちら ▶


お問い合わせ

下記から、メールで注文・お問い合わせを行うことも可能です。
AssayIDが分かっている場合
IDT pre-designed
5'-Mm,PT,00a,0100203-3'
5'-Mm,PT,40a,0100203g-3'
    :
Accession NO.が決まっている場合 (配列設計に1-4営業日かかります)
Accession NO.
NM_000008
NM_000009
    :


補足情報

複数のSearch結果から選択するときのポイント
  1. Assay IDに”g”や”gs”がないこと
    1. “g”や”gs”がないものはgenomic DNAからの増幅を考慮する必要がありません。
    2. “gs”はプローブ法のみで選択することが可能です。

  2. [Detects all variants]が[Yes]になっていること
    1. NCBIで登録されているVariantを全て検出することができます。

> 上記2つの条件を満たし、かつ、Search結果で上位に表示されているセット
Assay IDに含まれる情報



Search結果の補足
[Ref Seq #]の行の括弧内の数字にマウスを合わせますと、VariantのRef Seq NoとそのLocation情報が得られます。



複数のSearch結果の例
(a) [Assay ID]に”g”がなく、[Detects All Variants]が[Yes]なので一番上を選択。
(b) 一番上は[Detects All Variants]が[No]なので二番目を選択。
(c-1) [Assay ID]に”g”がついてるが、候補が一つだけなのでこのセットを選択


(c-2) [Assay ID]に”g”がついているが、全ての候補に”g”がついているので、一番上のセットを選択


(c-3) [Assay ID]に”g”がついているが、全ての候補に”g”がついているので、上位であることと[Detects All Variants]が[Yes]であることから一番上のセットを選択


(c)のように“g”があるセットを選択した場合、発現解析においてはDNase I処理して、ゲノムDNAの除去を行ってください。