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rhAmp™ SNP Genotyping System

rhAmp™ SNP Genotyping Systemは、ユニークな2種の酵素とアレル特異的なRNA-DNAハイブリッドのプライマーを用いる事で、ターゲットのSNPsを高い精度で検出するシステムです。IDTの持つユニバーサルなレポーターと、本rhAmp™ SNP Genotyping System を組み合わせることで、シンプルで安価なジェノタイピングが可能です。
アッセイ毎にサイクル条件を最適化する必要もないため、簡単にジェノタイピングが行えます。

データベースも充実しており、ヒトに対し1,000万以上のSNPsについてプレデザインを用意しています。
コーディング領域：約70,000
RefSeq SNPs：330,000
ADME SNPs：96 (バリデート済み)
ヒト以外の種に対しては、カスタム設計ツールも用意しています。

rhAmp™ SNP Genotyping Systemの原理
rhAmp Components

 　 rhAmp™ SNP Genotyping Systemのコンポーネント一覧です。本システムの特徴として、RNaseH2という酵素を用いる事が挙げられます。RNaseH2はRNAとその前後がマッチする場合、RNAの5'末端を切断するという特性があります。
rhAmp 原理1

 1. rhAmp™ SNP Genotyping Systemでは、SNPに対して2本のアレル特異的なプライマーを用います。アレル特異的プライマーは3'末端にブロッキング部位を有しており、アニールしてもこのブロッキング部位により、伸長反応は起こりません。
rhAmp 原理2

 2. SNPとマッチしたアレル特異的プライマーは、RNaseH2によりブロッキング部位が切り離され、PCRによる伸長反応が起こります。
rhAmp 原理3

 3. 2種のアレル特異的プライマーは、5'末端にそれぞれアダプター配列を有しているため、PCR産物にのみアダプター配列が付加されます。
rhAmp 原理4

 4. rhAmp™ SNP Genotyping Systemではアダプター配列に対して、レポーターとユニバーサルなフォワードプライマーを設計しています。rhAmp™ SNP Genotyping Systemは、レポータープローブもアダプター配列領域に対して作製するため、最も高価なプローブが非常に安価に合成・提供できます。
rhAmp 原理5

 5. アダプター配列を含むPCR産物が存在する場合、5'Nuclease Assayの原理で蛍光を発します。

5'Nuclease Assayの原理については、こちらをご参照下さい。

rhAmp™ Assayの特異性の鍵となるRNaseH2の特徴
RNase H2は、「RNA/DNA ヘテロ2 本鎖を認識し、RNAの5' 末端側DNA とのホスホジエステル結合を切断する」酵素です。

この酵素がRNA とDNA のホスホジエチル結合を切断するには、以下の2 つの条件を満たす必要があります。
  1. プライマー内のRNA がテンプレートDNAの相補塩基であり、ミスマッチではないこと
  2. プライマーのRNAの上流10 塩基と下流4 塩基がテンプレートのDNAと相補であること
上記の(1)(2)の条件を満たさない場合はPCR が進行しないため、配列特異的なPCRを行う事が出来ます。



rhAmp™実験を行うには


rhAmp™ジェノタイピングを行うには、1) rhAmp™ SNP Assays 及び、2) rhAmp™ Genotyping Master Mix、3) rhAmp™ Reporter Mixの3種類が必要です。

Minimum Cost
rhAmp™実験を行う際に掛かる最小コストは、下表の通りです(※税別)。
カテゴリ品名価格Cat ID
Assays rhAmp™ SNP Assay, XS, 100 rxn ¥11,540
Master Mix rhAmp™ Genotyping Master Mix, 0.5 mL ¥7,300 1076014
Reporter Mix rhAmp™ Reporter Mix, 25 µL ¥1,750 1076025
　　計 ¥20,590


rhAmp™ SNP Genotyping Systemの特徴

全血から抽出したゲノムDNAを用いた場合でも高精度のジェノタイピングが行えます。



図1. rhAmp™ SNP Genotyping Systemはサンプルを選びません
(A) SLCO1B1遺伝子 及び(B) ABCC2遺伝子 のSNPsに対してアッセイをデザインしました。これらのアッセイに対して異なる3つのサンプルを用いて実験を行いました。1) gBlocks® Gene Fragments(*) 2) 精製したゲノムDNA(Coriell Institute; ∆) 3) QIAamp DNA Blood Mini Kit (Qiagen社) を用いて全血より抽出したゲノムDNA (prepared by BioChain Institute; ○)。上図で各マーク（*,∆,○)が重なっている様に、アッセイ結果はサンプルによらず同等でした。本解析は、QuantStudio™ 7 Flex Real-Time PCR System software (Thermo Fisher社)を用いました。


rhAmp™ SNP Assays

アレル特異的プライマー2種とリバースプライマーのセットです。全てのプライマーがRNAとブロッキング部位を含んでいます。1,000万種のSNPsに対しIDTでプレデザインしたアッセイを提供できます。なお、ADMEアッセイはバリデートも行われています。ヒト以外の種でもカスタムで簡単にアレル特異的プライマーをデザインできます。24種類以上の場合は、プレート納品がお得です。
テンプレートのコントロールとしてgBlocksも使用できます。
rhAmp™ SNP Assays
品名価格(税別)納期予定輸送形態
rhAmp™ SNP Assay, XS, 100 rxn ¥11,540 5 ～ 10営業日 乾燥品
rhAmp™ SNP Assay, S, 750 rxn ¥29,070
rhAmp™ SNP Assay, M, 2500 rxn ¥50,980
rhAmp™ SNP Assay, L, 6000 rxn ¥102,100
rhAmp™ ADME SNP Assays
品名価格(税別)納期予定輸送形態
rhAmp™ ADME SNP Assay, XS, 100 rxn ¥12,690 5 ～ 10営業日 乾燥品
rhAmp™ ADME SNP Assay, S, 750 rxn ¥31,970
rhAmp™ ADME SNP Assay, M, 2500 rxn ¥56,075
rhAmp™ ADME SNP Assay, L, 6000 rxn ¥112,310



rhAmp™ Genotyping Master Mix

rhAmp™実験用に最適化されたマスターミックスです。
rhAmp™ Genotyping Master Mix
品名 価格(税別)Cat IDUnit Size納期予定輸送形態
rhAmp™ Genotyping Master Mix, 0.5 mL ¥7,300 1076014 1 X 0.5 mL 5 ～ 10営業日 冷凍 (-20℃)
rhAmp™ Genotyping Master Mix, 5 mL ¥40,750 1076015 1 X 5 mL
rhAmp™ Genotyping Master Mix, 10 mL ¥72,300 1076016 2 X 5 mL
rhAmp™ Genotyping Master Mix, 25 mL ¥145,920 1076017 5 X 5 mL
rhAmp™ Genotyping Master Mix, 50 mL ¥281,760 1076018 1 X 50 mL


rhAmp™ Reporter Mix

rhAmp™ 用の40 X Universal Reporter Probe Mixです。Reference Dyeを含まない製品（rhAmp™ Reporter Mix）と、Reference Dyeを含む製品がございます（rhAmp™ Reporter Mix w/Reference）。Reference Dyeが必要な場合は、rhAmp™ Reporter Mix w/Referenceをご選択下さい。
rhAmp™ Reporter Mix
品名 価格(税別)Cat IDUnit Size納期予定輸送形態
rhAmp™ Reporter Mix, 25 µL ¥1,750 1076025 1 X 25 µL 2 ～ 4営業日 乾燥品
rhAmp™ Reporter Mix, 250 µL ¥6,570 1076026 1 X 250 µL
rhAmp™ Reporter Mix, 500 µL ¥8,030 1076027 1 X 500 µL
rhAmp™ Reporter Mix, 1250 µL ¥10,955 1076028 1 X 500 µL
rhAmp™ Reporter Mix, 2500 µL ¥14,460 1076029 1 X 2500 µL
rhAmp™ Reporter Mix w/Reference
品名 価格(税別)Cat IDUnit Size納期予定輸送形態
rhAmp™ Reporter Mix w/Reference, 25 µL ¥1,930 1076020 1 X 25 µL 2 ～ 4営業日 乾燥品
rhAmp™ Reporter Mix w/Reference, 250 µL ¥7,230 1076021 1 X 250 µL
rhAmp™ Reporter Mix w/Reference, 500 µL ¥8,840 1076022 1 X 500 µL
rhAmp™ Reporter Mix w/Reference, 1250 µL ¥12,050 1076023 1 X 500 µL
rhAmp™ Reporter Mix w/Reference, 2500 µL ¥15,910 1076024 1 X 2500 µL

※ご使用の機器がReference Dyeを必要とするかどうかは、プロトコール（右カラム - Support)をご参照下さい。


プロトコール

こちらのプロトコール（右カラム - Support)をご参照下さい。

1.発注方法

ウェブサイトからご注文下さい。

» ご注文方法はこちら

関連製品

製品写真
  • PrimeTime® qPCR Assays
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    お客様のご希望の二本鎖DNAをプラスミドに入れない形で納品するサービスです。rhAmp™ SNP Genotyping Systemのコントロールとしても用いられています。


論文紹介 (Citations)

» 本製品を用いた最新の論文はこちら


Q & A

Q. ヒト以外の種にも対応していますか？
A. プレデザインはヒトのみですが、その他の種ではカスタムデザインにてお使い頂けます。
» カスタムデザインの注文方法はこちら

Q. rhAmp™ SNP Genotyping Systemはインデル変異に対応していますか？
A. 未対応です。rhAmp™ SNP Genotyping Systemは現在SNPsのみに対応しています。ただし、様々な変異に対応できるように、今後も開発を続けるつもりです。もしインデル変異を本システムで見たい場合は、japan-cc@idtdna.comまで、ご連絡下さい。

Q. rhAmp™ SNP Genotyping Systemはファストサイクルに対応していますか？
A. 現在のrhAmp™ SNP Genotyping Systemはファストサイクルには最適化されておりません。

Q. rhAmp™ SNP Genotyping Systemは各アッセイに対して条件を最適化する必要はありますか？
A. 本アッセイは安定で、現在の条件は全てのrhAmpアッセイに最適化されています。そのため、各アッセイに対して条件検討を行う必要はありません。

Q. ADME 遺伝子って何ですか？
A. ADMEとは吸収（Abroption）、分布（Disritution)、代謝（Metabolism）、排泄（Excretion）の英語表記の頭文字からなる略語です。薬物動態関連遺伝子です。

Q. Yakima Yellow® を見るには、どのチャンネルを用いれば良いですか？
A. Yakima Yellow は、rhAmp™ SNP Assaysの対立遺伝子のレポーターとして使用されています。Yakima Yellow はVIC®もしくはHEX™と同じチャンネルで測定でき、キャリブレーションの必要は有りません。

Q. Yakima Yellow® の励起波長と蛍光波長を教えてください。
A. Yakima Yellow®のパラメーターは下記の通りです。
Extinction coefficient: 23,700
Absorbance max: 524 nm
Emission max: 551nm
Extinction coefficient (at absorbance max): 83,800