Genes:人工遺伝子合成受託サービス
人工遺伝子合成サービスでは、お客様から頂いたDNA配列の情報から、2本鎖DNAを合成します。
「Genes」というサービスでは、2本鎖DNAをベクターに挿入したプラスミドを納品致します。
プラスミドに入っていない2本鎖DNAを納品する「gBlocks® Gene Fragments」というサービスもございます。
» gBlocks®についての詳細は、こちらのページをご覧下さい。
例えば下記の用途にご使用ください。
● cDNAクローニング
● バリアント作製(ミューテーション、抗体など)
● 人工配列(リンカー、ベクター構築など)
● バリアント作製(ミューテーション、抗体など)
● 人工配列(リンカー、ベクター構築など)
サービス一覧
サービス名 | 対応配列長 | 価格(税別) | 納期 | |
---|---|---|---|---|
Genes (※プラスミドで納品) |
miniGene | 25~500 bp | 一律 21,000円 | 約2~3週間 |
Gene | 501 bp ~ | 42円/bp | 別表参照 | |
gBlocks® Gene Fragments (※2本鎖DNA状態 で納品) |
gBlocks® 125-500 |
125 ~ 500 bp | 11,000円 | 5営業日~ |
gBlocks® 501-750 |
501 ~ 750 bp | 15,000円 | ||
gBlocks® 751-1000 |
751 ~ 1,000 bp | 18,000円 | 6営業日~ | |
gBlocks® 1001-1250 |
1,001 ~ 1,250 bp | 31,000円 | 8営業日~ | |
gBlocks® 1251-1500 |
1,251 ~ 1,500 bp | 38,000円 | ||
gBlocks® 1501-1750 |
1,501 ~ 1,750 bp | 45,000円 | ||
gBlocks® 1751-2000 |
1,751 ~ 2,000 bp | 52,000円 | ||
gBlocks® 2001-2250 |
2,001 ~ 2,250 bp | 59,000円 | 13営業日~ | |
gBlocks® 2251-2500 |
2,251 ~ 2,500 bp | 64,000円 | ||
gBlocks® 2501-2750 |
2,501 ~ 2,750 bp | 69,000円 | ||
gBlocks® 2750-3000 |
2,751 ~ 3,000 bp | 74,000円 | ||
gBlocks® Libraries |
251 ~500 bp | 詳細はこちら |
※頂いた配列による合成困難性がある場合や、非常に長い配列の場合、42円/bpでは提供出来ない場合があります。
※事前の確認にも関わらず合成できない事が稀にございます。その場合は、弊社都合キャンセルとし、費用は頂きません。
※事前の確認にも関わらず合成できない事が稀にございます。その場合は、弊社都合キャンセルとし、費用は頂きません。
合成状況の確認について
Genesは納期が掛かりますが、合成状況を簡単に把握できます。
» こちらをご参照ください。
» こちらをご参照ください。
Genes
ご依頼頂きました配列を、ベクターに挿入したプラスミドの形で納品致します。
合成した配列をシーケンスし、正確に合成出来ているかどうかも確認しております。
確認の際に用いたシーケンスデータとプラスミドマップはIDTウェブサイトよりダウンロード可能です。
また、タンパク質の発現量を増やすため、もしくは、配列による合成困難性を解消するため、 コード配列のアミノ酸情報を保ったまま、配列を変換する事(コドン変換)も無償で承っております。
合成した配列をシーケンスし、正確に合成出来ているかどうかも確認しております。
確認の際に用いたシーケンスデータとプラスミドマップはIDTウェブサイトよりダウンロード可能です。
また、タンパク質の発現量を増やすため、もしくは、配列による合成困難性を解消するため、 コード配列のアミノ酸情報を保ったまま、配列を変換する事(コドン変換)も無償で承っております。
Genes 価格
塩基長 | 価格(税別) |
---|---|
~500bp (miniGene) | 21,000円 |
501bp ~ | 42円/bp |
※頂いた合成困難性がある場合や、非常に長い配列の場合、42円/bpでは提供出来ない場合があります。
※事前の確認にも関わらず合成できない事が稀にございます。その場合は、弊社都合キャンセルとし、費用は頂きません。
※事前の確認にも関わらず合成できない事が稀にございます。その場合は、弊社都合キャンセルとし、費用は頂きません。
Genes 納期
塩基長 | 予定納期 |
---|---|
~500bp (miniGene) | 2~3週間 |
501bp ~ 約1,000bp | 約3週間 |
約1,000bp ~ 約1,500bp | 3~4週間 |
約1,500bp ~ 約2,000bp | 4~5週間 |
約2,000bp ~ 約2,500bp | 5~6週間 |
約2,500bp ~ 約4,000bp | 6~8週間 |
約4,000bp ~ 15,000bp | 未定・配列次第 |
※配列によって納期が変動する場合があります。 また、合成困難性がある場合は、納期はさらに1~2週間長くなります。
Genes ベクター
■ ベクターの選択について
下記の7種類のベクターを用意しております。カテゴリを選択いただくと、カテゴリ内のベクターが選択されるシステムです。特定のベクターを指定することは出来ませんので、ベクターを一種に限定したい場合は、アンピシリン耐性ベクター (pBlueScript系)をご指定ください。
ただし pBlueScript系を選択した場合には別途費用が発生いたします。
■ カテゴリーとベクター一覧
アンピシリン耐性 (pUC系) | アンピシリン耐性 (pBlueScript系) | カナマイシン耐性 (pUC系) | クロラムフェニコール耐性 |
---|---|---|---|
pIDTSMART-AMP pUCIDT-AMP |
pIDTBlue | pIDTSMART-KAN pUCIDT-KAN |
BAC 2 BAC 3 |
■ pBlueScript系ベクター選択時の追加費用
blunt | 挿入方向指定なし | ¥7,500 |
5' to T7 promoter | 5' から 3' 方向に配列を挿入します。 | ¥11,250 |
5' to T3 promoter | 3' から 5' 方向に配列を挿入します。 | ¥11,250 |
■ 配列長と選択できる耐性遺伝子
配列長 | アンピシリン耐性 (pUC系) | アンピシリン耐性 (pBlueScript系) | カナマイシン耐性 (pUC系) | クロラム フェニコール耐性 |
---|---|---|---|---|
25 ~ 1,500 bp | ○ | ○ | ○ | × |
1,501 ~ 5,000 bp | ○ | × | ○ | × |
5,001 bp ~ | × | × | × | ○ |
ベクター詳細
弊社から提供できるベクターにマルチクローニングサイトはございませんので、発注の際に必要な制限酵素サイトを遺伝子の末端に付加して下さ い。
下記に各ベクターの詳細を記載致します。
※カナマイシン耐性ベクターはAmpicillin部位がkanamaycinとなりま す。
※ご依頼のDNA配列と上記のプラスミド配列との間には、ランダムな配列が挿入されます。
M13 sequence
※配列確認データ上では、M13Rv(-27)は相補鎖の[5'- GTCATAGCTGTTTCCTG -3']と記載されます。
下記に各ベクターの詳細を記載致します。
■ pIDTSMART
pIDTSMART-Amp ベクターマップ※カナマイシン耐性ベクターはAmpicillin部位がkanamaycinとなりま す。
pIDTSMART-Ampの配列情報 2,056bp |
pIDTSMART-kanの配列情報 1,962bp |
M13 sequence
M13 Fw(-20): | 5'- GTA | AAA | CGA | CGG | CCA | GT -3' |
M13 Rv(-27): | 5'- CAG | GAA | ACA | GCT | ATG | AC -3' |
■ pUCIDT
pUCIDT-Amp ベクターマップ※カナマイシン耐性ベクターはAmpicillin部位がkanamaycinとなりま す。
pUCIDT-Ampの配列情報 2,752bp |
pUCIDT-Kanの配列情報 2,705bp |
※ご依頼のDNA配列と上記のプラスミドとの間には、ランダムな配列が挿入されます。
M13 sequence
M13 Fw(-41): | 5'- CGC | CAG | GGT | TTT | CCC | AGT | CAC | GAC -3' |
M13 Fw(-20): | 5'- GTA | AAA | CGA | CGG | CCA | GT | -3' | |
M13 Rv(-27): | 5'- CAG | GAA | ACA | GCT | ATG | AC | -3' | |
M13 Rv(-48): | 5'- AGC | GGA | TAA | CAA | TTT | CAC | ACA | GG -3' |
■ pIDTBlue
pIDTBlueのベクターマップpIDT-Blueの配列情報 3,170 bp |
※ご依頼のDNA配列と上記のプラスミドとの間には、ランダムな配列が挿入されます。 M13 sequence
M13 Fw(-41): | 5'- CGC | CAG | GGT | TTT | CCC | AGT | CAC | GAC -3' |
M13 Fw(-20): | 5'- GTA | AAA | CGA | CGG | CCA | GT | -3' | |
T7 Promoter: | 5'- TAA | TAC | GAC | TCA | CTA | TAG | GG -3' | |
T3 Promoter: | 5'- GGG | AAA | TCA | CTC | CCA | ATT | AA -3' | |
M13 Rv(-27): | 5'- CAG | GAA | ACA | GCT | ATG | AC | -3' | |
M13 Rv(-48): | 5'- AGC | GGA | TAA | CAA | TTT | CAC | ACA | GG -3' |
※配列確認データ上では、T3 Promoterは相補鎖[5'- CCCTTTAGTGAGGGTTAATT -3']、M13Rv(-27)は相補鎖[5'- GTCATAGCTGTTTCCTG -3']、 M13Rv(-48)は相補鎖[5'- CCTGTGTGAAATTGTTATCCGCT -3']と記載されます。
■ BAC
5,001bp以上の配列は、クロラムフェニコール耐性のBAC(Bacterial Artificial Chromosome) に挿入して、納品します。BAC(Bacterial Artificial Chromosome)とは,大腸菌の人工染色体で、長い断片を保持出来る性質が有ります。
BAC2(約7kb)とBAC3(約8.3kb)のどちらかのベクターに挿入して納品します。
BACベクターの扱い方
How To Handle Bacs PDFファイル(166KB)
Genes 納品物
- 合成した遺伝子 (配列長が5,000bp以下の場合は 約4µg。それ以上の長さの場合(BACベクターでの納品の場合)は、約1µgを納品予定です。)
- 配列確認の際の挿入断片波形データ(シーケンスデータ)(.abi)
- プラスミドマップ・制限酵素マップ(.pdf)
※2,3はIDTウェブサイトよりダウンロードしてください。
長鎖配列 (3,000bp を超えるもしくはそれに近い長さの配列)の合成確認には、Miseqを用いる場合がございます。
その場合、確認データが100Mと大きくなるため、確認の際のRAWデータはお送りしておりません。
確認結果のみのご連絡になります。ご了承下さい。
Genes 納品形態・保存方法
オリゴと同様、空気乾燥品です。
常温にてお客様にお届けします。
到着後、2週間以内に使用しない場合は-20℃にて保存をお願い致します。
なお、溶解液はTEを推奨しています。
常温にてお客様にお届けします。
到着後、2週間以内に使用しない場合は-20℃にて保存をお願い致します。
なお、溶解液はTEを推奨しています。
Genes 合成困難性とは
弊社では、合成を阻害する配列や、シーケンスでの確認が難しくなる可能性がある配列を「合成困難性がある配列」と定義し、合成困難性がある場合は納期や費用を余分に頂きます。
(合成困難性があっても、その困難性が小さい場合は合成可能です。)
また、米国内での確認が必要な場合も多いため、お見積にも2-3営業日掛かる事がございます。
下記に合成困難性の一例を挙げておりますが、すべてを網羅している訳ではありません。
IDT社のサイトで合成困難性を確認できますので、お試し下さい。[確認方法 (※作成中)]
(合成困難性があっても、その困難性が小さい場合は合成可能です。)
また、米国内での確認が必要な場合も多いため、お見積にも2-3営業日掛かる事がございます。
下記に合成困難性の一例を挙げておりますが、すべてを網羅している訳ではありません。
IDT社のサイトで合成困難性を確認できますので、お試し下さい。[確認方法 (※作成中)]
- ヘアピン構造を取る(相補配列がある)場合
- 10bp以上の相補配列で、GC含率が80%以上を超える場合
- 15bp以上の相補配列で、GC含率が65%を超える場合
- 20bp以上の相補配列がある場合
- GもしくはCのみが10bp以上続く場合、AもしくはTのみが24bp以上続く場合
- 繰り返し配列がある場合
- 配列全体のGC含率が65%を超えるもしくは25%を下回る場合
- 部分配列(150bp)のGC含率が75%以上もしくは、35%以下の場合
Genes 合成困難性の確認方法
合成困難性は、IDT社のサイトで確認することが出来ます。
上記の合成困難性に該当する場合は、弊社にコドン変換や配列修正を依頼して頂くか、
IDT社のサイトで、配列をご修正下さい。
» IDT社サイトの使い方
※弊社にご依頼頂ける場合は、【人工遺伝子合成 オーダーシート】 Exelファイル(499KB)の「要コドン変換」のシートにご入力のうえ、japan-cc@idtdna.comまでお送り下さい。
上記の合成困難性に該当する場合は、弊社にコドン変換や配列修正を依頼して頂くか、
IDT社のサイトで、配列をご修正下さい。
» IDT社サイトの使い方
※弊社にご依頼頂ける場合は、【人工遺伝子合成 オーダーシート】 Exelファイル(499KB)の「要コドン変換」のシートにご入力のうえ、japan-cc@idtdna.comまでお送り下さい。
Genes コドン変換について
弊社では、コドン変換を無償で承っております。
生物は種ごとにそれぞれ異なる頻度でコドンを用いています。
それに伴いtRNAの存在比も異なり、存在比の少ないtRNAを指定するコドン(レアコドン、マイナーコドン)が多くなれば、タンパク質の生産量も低下すると言われています。
そのため弊社では、コドン変換として下記を行っています。
※弊社にご依頼頂ける場合は、【人工遺伝子合成 オーダーシート】 Exelファイル(499KB)の「要コドン変換」のシートにご入力のうえ、japan-cc@idtdna.comまでお送り下さい。
生物は種ごとにそれぞれ異なる頻度でコドンを用いています。
それに伴いtRNAの存在比も異なり、存在比の少ないtRNAを指定するコドン(レアコドン、マイナーコドン)が多くなれば、タンパク質の生産量も低下すると言われています。
そのため弊社では、コドン変換として下記を行っています。
- レアコドンを排除
- 合成困難性を排除
- 指定の制限酵素サイトを排除
- 宿主とコドン頻度を近似 (※宿主のコドン頻度には、かずさDNA研究所様の codon usage database を用いております。)
※弊社にご依頼頂ける場合は、【人工遺伝子合成 オーダーシート】 Exelファイル(499KB)の「要コドン変換」のシートにご入力のうえ、japan-cc@idtdna.comまでお送り下さい。
ご注文方法について
» こちらからお見積・ご注文ください。
コドン変換が必要な場合は、
【人工遺伝子合成 オーダーシート】 Exelファイル(499KB)とバイオハザードフォームに必要事項を入力し、 下記までお送り下さい。
※クリックするとメーラーが起動します。
コドン変換が必要な場合は、
【人工遺伝子合成 オーダーシート】 Exelファイル(499KB)とバイオハザードフォームに必要事項を入力し、 下記までお送り下さい。
人工遺伝子合成(Gnenes) | ||
---|---|---|
上記エクセルが開けない方はこちらをお使い下さい。
【人工遺伝子合成 オーダーシート】 Exel 97-2004 ファイル(1.2MB)
※一部正常に動かないセルもございますが、必要事項さえご入力いただければ特に問題ありません。
【人工遺伝子合成 オーダーシート】 Exel 97-2004 ファイル(1.2MB)
※一部正常に動かないセルもございますが、必要事項さえご入力いただければ特に問題ありません。
バイオハザードフォーム(Biohazard Disclosure Form)について
本製品は米国から日本への輸出品となります。米国の公的およびIDT社の自主的な輸出規制により、毒素、ウイルス由来の断片、宿主に感染性を もたらす断片、人に病気を引き起こさせる可能性のある断片など、危険な遺伝子断片であると判断された場合、受注できない場合があります。
発注いただく際、危険な遺伝子断片では無いことを証明するために、IDT社指定の「Biohazard Disclosure Form」のご提出をお願いしております。 記載方法などは、下記ワードの2枚目以降に記載しておりますので、ご参照ください。
【バイオハザードフォーム】 Wordファイル(40KB)
発注いただく際、危険な遺伝子断片では無いことを証明するために、IDT社指定の「Biohazard Disclosure Form」のご提出をお願いしております。 記載方法などは、下記ワードの2枚目以降に記載しておりますので、ご参照ください。
【バイオハザードフォーム】 Wordファイル(40KB)
問い合わせ先について
注文方法と同様、japan-cc@idtdna.comまでご氏名と内容をお送り下さい。
下記をクリックするとメーラーが起動します。
japan-cc@idtdna.com
皆様のご注文を心よりお待ちしております。
下記をクリックするとメーラーが起動します。
japan-cc@idtdna.com
皆様のご注文を心よりお待ちしております。
Q&A
Q.ライセンスについて
A. 納品されるプラスミド(合成断片およびベクター)は、研究用途ではライセンスフリーです。ただ、プラスミド骨格部分(ベクター)は転売やキット構成品の販売などの商業利用を制限させて頂いております。
そのため、納品されたプラスミドそのもの (合成断片が、IDT社のベクターに入った状態)では、
research purposes onlyという制限が付きます。
なお、合成した配列部分には使用制限はありません。
上記を明文化した文章はこちら → Vector_Licence (PDFファイル:78KB)
Q.クローニングに用いる大腸菌について
A. XL1-Blue株を第一選択として用いています。クローニングがなかなか成功しない場合にはNew England Biolabsの10 beta株を使用しています。
Q.「N」や「W」などの混合塩基(mix bases)に関して
A. 申し訳ございませんが、人工遺伝子合成では混合塩基に対応できません。1本鎖DNA/RNAオリゴやgBlocks® Libraries(2本鎖DNAフラグメント)では対応可能です。
Q.溶解方法について
A.- 溶解前に遠心を行い、DNAペレットをチューブの底に落として下さい。
- 最終濃度が100ng/µLとなるように、TE buffer (10 mM Tris, 0.1 mM EDTA, pH 7.5~8.0)もしくは、nuclease free waterを加えて下さい。
- 30分間の室温静置後、20秒間のボルテックスを行なって下さい。
- 10,000gで1分間遠心後、-20℃で分注及び保管を行なって下さい。
Q.形質転換について
A.- 999µL≒1mLのnuclease free waterを入れたチューブへ、100ng/µLのストックから1µLを移し、100pg/µLのDNA希釈溶液を作ります。
- 1mLのDNA希釈溶液のうち1~2µLを大腸菌への形質転換に用います。
※希釈倍率が低く、非常に濃いDNA溶液の場合、上手く形質転換出来ないことがあります。
Q.納品データに関しまして
A. データは下図の形でお送り致します。なお、波形データの納品は"Genes(人工遺伝子合成)"のみとなります。
gBlocksではデータ納品はございませんので、ご了承下さい。
※ 関連:納品データの取得方法
Q. 人工遺伝子合成を注文後、IDTから届いたメールに注文した配列がありましたが、配列長が512 bpしかありません。
A. IDTでは、受注後にお客様に確認メールをお送りしておりますが、確認メール内の配列が、容量の都合上 512 bpまでしか表示されません。実際には全長の合成を行なっておりますのでご安心下さい。
IDT websiteにログインし、[Order]タブをクリックすることで、注文履歴と進行状況を見ることが出来ますが、配列長の確認まではできないため、配列長の確認を行いたい方は、下記のメールフォームよりご連絡下さい。
※ 関連:納品データの取得方法