コンストラクションのクローニングをより簡単にする方法

gBlocks®Gene Fragments:クローニングや変異導入、CRISPRなどにも使えるカスタム2本鎖DNAフラグメント

クローニングにすっかり時間をとられていませんか? もっと簡単でもっと速い方法があります...
ゲノムやcDNA配列のクローニングやコンストラクションには、大変な労力と時間が必要なこともあります。

IDT gBlocks Gene Fragmentsがいかに時間と費用の節約となり、研究を推進し、論文へと導くか、ご紹介します。

2018年5月10日

コンストラクションの作製には時間と労力が必要

クローニングとPCRによるベクターの構築には、時間と費用、大変な労力が必要になることがあります。

PCRなどで、必要なDNA断片を得るプロセスが単純化している一方で、目的のコンストラクションを作製するには、手間のかかるステップをいくつも経なければなければならないのが実状です。

そういったステップとして、プライマーの設計、PCRの実施、増幅した断片のクローニング、得られたクローンのスクリーニングと配列決定が挙げられます。目的の断片とアセンブリを得るためのこれらのプロセスには数週間以上かかることもあります。

カスタムDNAフラグメントが研究を飛躍させる

DIYコンストラクションをカスタム合成二本鎖DNAフラグメントに置き換えれば、このようなステップの多くを割愛して、もっと迅速に、しかももっと経済的に実験を始められます。

gBlocks Gene Fragmentsは、配列検証済みのDNAフラグメントで、二本鎖DNAを必要とするあらゆる用途に使えます。これで研究をぐっと加速させられます。

日本では、発注から最短で1週間でgBlocksをご使用頂けます。

gBlocksは配列の検証も行っている

いずれのgBlocks Gene Fragmentも、キャピラリー電気泳動法によるサイズ検証、質量分析による配列確認など、弊社の厳しい品質管理試験を受けます。

gBlocks Gene Fragmentのクローニングによって得られる組換えコロニーのうち、目的の挿入物を含むものが占める割合は、ほとんどの場合80%を超えています。(例えば1000個のコロニーをクローニングした場合、800個以上には変異が入っていないということを指します。)

3000bpまで合成可能

分子生物学分野の研究で使用されるDNA断片のサイズは、おこなわれる研究の性質によってかなり異なります。必要な断片は、ゲノムやcDNA配列であったり、非コードRNAやアプタマーであったりします。そのため、サイズは数十から数千塩基対までさまざまです。

発現ベクターは最もよく用いられるリコンビナントDNAのひとつです。発現ベクターは通常、cDNAフラグメントの発現を駆動する短いプロモーター配列とそれに続くpoly(A)テールシグナルを含んでいます。

ヒトゲノムシーケンスにより、ヒトのmRNAの平均サイズが3000bp未満であることが明らかになりました。そのため、1つのgBlocks Gene Fragmentでほとんどのヒト遺伝子のコード配列を合成・提供することができます。

一般に用いられているアセンブリやクローニングキットに適合

gBlocks Gene Fragmentsは、GibsonAssembly®キット(New England Biolabs社)、NEBuilder®HiFiキット(New England Biolabs社)、In-Fusion®クローニングキット(タカラバイオ社)など、多くの便利なアセンブリやクローニングキットに対して適合性があります。

そのためgBlocks Gene Fragmentsは、現在進行中の研究にシームレスに組み込むことができます。

無償のオンラインツール「IDT Codon Optimization Tool」を用いてコドンを設計

タンパク質の発現に寄与する要因は無数にありますが、特に異種の系を用いる研究では、コドンの最適化がクリティカルな役割を果たしています。なぜなら、生物種によってコドンの使い方が異なるからです。

その種が優先するコドンの使い方が発現研究の成功を左右することもあるため、コドンの使い方を考慮する必要があります。

弊社が無償提供しているオンラインコドン最適化ツール「Codon Optimization Tool」は、タンパク質を発現させるために選んだ生物がコドンを利用する目的と頻度に基づいて、お使いの配列でのコドンの使い方を再調整するのに役立ちます。

日本では、こちらの様式に記入して頂ければ、弊社でコドン変換を行い、その結果を提供することもできます。

gBlocks Gene Fragmentsの使い方のヒント

gBlocks Gene Fragmentsの受領時にすべきことを、こちらにまとめております。こちらも参考にしてください。
【日本語】gBlocks Gene Fragmentsの使い方 ~再懸濁法、定量法、コピー数の計算方法~

References

原文:Spending all your time cloning? There's an easier (and faster) way...
著者:Bahri Karaçay, PhD, Scientific Writer, IDT.