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PrimeTime®リアルタイムPCR用プローブ合成サービス

PrimeTime®製品を用いることで今まで高価だったリアルタイムPCR - ハイブリダイゼーション法(プローブ法、 5' Nuclease Assay法)を比較的安価に行う事ができます。
インターカレーション法と異なり特異性が高いため、融解曲線を描いたり、PCR後のサンプルを電気泳動する必要もありません。
遺伝子発現解析において、最も確実な手法です。

現在行なっている発現解析との比較検討のために、PrimeTime®製品の初回発注お試し無償サンプル提供も可能です。ぜひ一度お問い合わせ下さい。
PrimeTime® 5' Nuclease Assayの原理
Prime Time Assay原理1 プライマーとプローブは、配列依存的にDNA配列に相補結合します。
この状態ではプローブは分解されていないため、蛍光色素とクエンチャーは接近して存在しています。
蛍光色素から発せられる蛍光は、クエンチャーに吸収されています。
Prime Time Assay原理2 ポリメラーゼがプライマーから伸長し、DNA合成が開始されます。
Prime Time Assay原理3 ポリメラーゼがプローブのところに来ると、エキソヌクレアーゼ活性により、相補結合しているプローブを分解します。
Prime Time Assay原理4
プローブが分解されると、蛍光色素はクエンチャーから離れます。
クエンチャーとの距離が大きくなるため、クエンチャーによる吸光が制限され、蛍光がリアルタイムPCR装置によって検出されるようになります。

サービス概要
PrimeTime®では、下記情報が一つでも決まっていれば、必要なプライマー及びプローブを合成する事が出来ます。
  1. お客様の合成したい配列
  2. 発現を見たい遺伝子
  3. 発現を見たいターゲット領域の配列
  4. 確認したいSNPs (4.LNA probe)

■ 合成サービス一覧
  • PrimeTime® qPCR Assays
    フォワードプライマー(以下 Fwプライマー)、リバースプライマー(以下 Rvプライマー)、プローブの3点を1つのチューブに入れて納品します。
  • PrimeTime® qPCR Probes
    プローブのみを納品します。
  • PrimeTime® qPCR primers
    インターカレーター法での検出用です。Fwプライマー、Rvプライマーのみを1つのチューブに入れて納品します。
  • LNA PrimeTime® Probes
    SNPs検出用などLNA塩基を含むプローブのみを納品します。
  • PrimeTime® Gene Expression Master Mix
    プローブ法用のマスターミックスで、PrimeTimeはもちろん、他社様のプローブでもご使用頂けます。
サービスの特徴
■ ダブルクエンチャー
ダブルクエンチャー図 IDTでは、よりシグナルを増幅させ、またバックグラウンドを軽減させる「ダブルクエンチャーシステム」を採用しています。
これまでは、5'末端と3'末端に蛍光色素とクエンチャーを用いる事が一般的でしたが、ダブルクエンチャーシステムでは、5'末端から9塩基と10塩基の間にZENやTAOというクエンチャーを付加しています。
これにより、プローブの消光作用がより大きくなるため、顕著にバックグラウンドが軽減します。また、プローブが長くなりがちなAT-rich領域へのプローブ作製も容易になりました。
»さらに詳しく
■ Mini合成スケール
IDTでは、ご利用頂きやすい小さなスケールで合成を行っております。
5'FAM/ZEN/3'IBFQ 100回分(20 µL反応系）プローブが¥7,200、アッセイは¥8,800でお求め頂け、大変安価にプローブ法で実験を行う事ができます。
■ プレデザイン
ヒト・マウス・ラットでは、遺伝子ごとに配列をプレデザインしたアッセイを簡単に検索・ご購入いただけます。（アッセイ検索が可能です。）
そのため、Accession NO のみで注文が可能です。
受注時に配列開示はしておりませんが、納品時には同封されるデータシートに3本のプライマー・プローブの配列情報が記載されています。
>> ご注文方法はこちら

すでにお持ちの配列から簡単に設計するツールもございます。
>> PrimerQuestの使い方
・初回サンプルのご依頼方法

初回サンプルをご希望の方は弊社営業までお問い合わせください。

問い合わせ先:

IDT Japan Sales : japansales@idtdna.com

PrimeTime® qPCR Assays 価格・納期

納品形態： Primer2本＋Probe1本を、1本のチューブに入れて納品
精製グレード： Probe - HPLC精製、Primer - 脱塩
納期： 5～10営業日

■ プレデザイン
ヒト・マウス・ラットについては、IDTでプレデザインしたアッセイを簡単に検索・ご購入いただけます。（アッセイ検索が可能です。）
Accession NO (Refseq Database NO) や遺伝子名だけでご購入いただけます。 ご発注時には配列を開示しておりませんが、納品時には同封されるデータシートに3本のプライマー・プローブの配列情報が記載されています。
■ カスタム
プローブ、プライマー2本の配列をそれぞれ入力してください。

■色素・価格表
5'DyeQuencher合成スケール
MiniStandardXL
FAMZEN/IBFQ¥8,800¥18,000¥54,000
TAMRA-¥23,000¥62,000
TETZEN/IBFQ-¥23,000¥62,000
HEXZEN/IBFQ-¥23,000¥62,000
Cy5IBRQ-¥23,000¥62,000
Probe納品量0.5 nmole2.5 nmole12.5 nmole
Primer納品量1.0 nmole5.0 nmole25.0 nmole
反応回数（20 µL反応系）100回500回2,500回
・Primerの量は、Standardの場合2.5～10 nmolの範囲で、XLの場合12.5～50 nmoleの範囲で指定可能です。
※ 例えばddPCRでは、プライマー:プローブ=4:1をお勧めしています。なお、Miniスケールでは、Probe/Primer量は変更できません。

・Probeの長さは、15～35 basesです。それ以外の長さは、お問合せ下さい。

* IBFQ: Iowa Black® FQ, IBRQ: Iowa Black® RQ, BHQ1: Black Hole Quencher® 1, BHQ2: Black Hole Quencher® 2
>> クエンチャーについて


■24種以上ご注文の場合プレート納品も可能です。

PrimeTime® qPCR Probes 価格・納期

納品形態： Probeのみ納品
精製グレード： HPLC精製
納期： 5～10営業日
5'DyeQuencher合成スケール
MiniEco100 nmole250 nmole1 µmole
FAMZEN/IBFQ¥7,200¥15,000¥26,000¥42,000¥64,000
TAMRA--¥30,000¥42,000¥64,000
BHQ1--¥30,000¥42,000¥64,000
TETZEN/IBFQ--¥38,000¥54,000¥80,000
BHQ1--¥38,000¥54,000¥80,000
HEXZEN/IBFQ--¥38,000¥54,000¥80,000
BHQ1--¥38,000¥54,000¥80,000
Yakima YellowZEN/IBFQ--49,000¥70,000¥104,000
納品量0.5 nmole2.5 nmole10 nmole 以上25 nmole 以上50 nmole 以上
反応回数（20 µL反応系）100回500回2,000回以上5,000回以上10,000回以上
5'DyeQuencher合成スケール
MiniEco100 nmole250 nmole1 µmole
MAX NHS EsterZEN/IBFQ--¥89,000¥103,000¥153,000
BHQ1--¥89,000¥103,000¥153,000
Cy3IBRQ-- ¥45,000 ¥52,000 ¥95,000
BHQ2-- ¥69,000 ¥79,000 ¥120,000
TYE563IBRQ-- ¥63,000 ¥73,000 ¥133,000
BHQ2-- ¥89,000 ¥103,000 ¥153,000
TEX615IBRQ-- ¥63,000 ¥73,000 ¥133,000
BHQ2-- ¥89,000 ¥103,000 ¥153,000
Cy5 TAO/IBRQ-- ¥45,000 ¥52,000 ¥95,000
IBRQ-- ¥45,000 ¥52,000 ¥95,000
BHQ2-- ¥69,000 ¥79,000 ¥120,000
TYE665IBRQ-- ¥63,000 ¥73,000 ¥133,000
BHQ2-- ¥89,000 ¥103,000 ¥153,000
FAMTAMRA NHS Ester--- ¥90,000 ¥128,000
JOE NHS EsterZEN/IBFQ--- ¥70,000 ¥104000
BHQ1--- ¥76,000 ¥115,000
TAMRA NHS EsterIBRQ--- ¥69,000 ¥103,000
BHQ2--- ¥91,000 ¥139,000
ROX NHS EsterIBRQ--- ¥69,000 ¥103,000
BHQ2--- ¥91,000 ¥139,000
Texas Red-X NHS EsterIBRQ--- ¥69,000 ¥103,000
BHQ2--- ¥91,000 ¥139,000
納品量--2 nmole 以上8 nmole 以上20 nmole 以上
反応回数（20 µL反応系）--400回以上1,600回以上4,000回以上
・Probeの長さは、15～35 basesです。それ以外の長さは、お問合せ下さい。

* IBFQ: Iowa Black® FQ, IBRQ: Iowa Black® RQ, BHQ1: Black Hole Quencher® 1, BHQ2: Black Hole Quencher® 2
>> クエンチャーについて

PrimeTime® qPCR Primers 価格・納期

納品形態： Primer2本を1本のチューブに入れて納品
精製グレード： 脱塩
納期： 5～10営業日

プローブを必要としない、インターカレーター法用のプライマーです。プレデザインされたアッセイを検索できるため、ご自身でプライマーの設計を行う必要がありません。そのため、非常に簡便に特定遺伝子に対するプライマーをおご注文頂けます。（アッセイ検索はヒト・マウス・ラットに対してのみ可能です。）

価格Primer 納品量反応回数
¥5,0005 nmole500回 （20 µL反応系）
・納品されるPrimerは、同じID番号のPrimeTime® qPCR Assayの2本のPrimerと同じ配列です。

»ご注文方法はこちらをご参照下さい。

LNA PrimeTime® Probes 価格・納期

納品形態： LNA塩基を含むProbeのみを納品
精製グレード： HPLC精製
納期： 5～10営業日

PrimeTime® qPCR Probe にLNA(Locked Nucleic Acids)を組み入れる事も出来ます。
LNAは、プローブがターゲットに100%一致する場合には、Tm値を著しく上げるため、LNA PrimeTime® Probe(以下 LNA probe)は、PrimeTime® qPCR Probe(以下 DNA probe)よりも短くなります。短いプローブは、消光作用とS/N比が良くなり、感度が改善されます。また、ミスマッチがある場合には、プローブのTm値は著しく下がります。
以上から、LNA probeを用いる事により、変異あるいはSNPs(singlenucleotide polymorphisms)の判別能力が改善されると考えられています。

IDTでは、ターゲットのSNPを配列の中央にし、3-5個のLNAをprobeに組み入れることをお勧めしております。
安価なMini scaleもございますので、是非一度設計した配列をお試し下さい。

>> LNAの設計方法はこちらをご参照下さい。

※LNAのデザインも承りますので、お気軽にお申し付け下さい。(種名、SNPを中心とした前後200 bpの配列、及びアレル情報があればデザイン可能です。)

LNA 注文
>> ご注文　 (IDTウェブサイト)
>> ご注文方法　
LNAデザイン依頼
To：japan-cc@idtdna.com 　

5'Dye3'Quencher合成スケール
Mini250 nmole1 µmole
FAMIBFQ¥22,000¥66,000¥92,000
BHQ1-¥73,000¥102,000
HEXIBFQ¥23,000¥69,000¥96,000
BHQ1-¥76,000¥106,000
Yakima YellowIBFQ¥27,000¥90,000¥125,000
納品量0.5 nmole8 nmole以上20 nmole以上
反応回数（20 µL反応系）100回1,600回以上4,000回以上
5'Dye3'Quencher合成スケール
Mini250 nmole1 µmole
Cy3IBRQ- ¥95,000 ¥133,000
BHQ2- ¥114,000 ¥162,000
TYE563IBRQ- ¥131,000 ¥184,000
BHQ2- ¥145,000 ¥203,000
TEX615IBRQ- ¥136,000 ¥191,000
BHQ2- ¥150000 ¥210,000
Cy5IBRQ- ¥97,000 ¥136,000
BHQ2- ¥116,000 ¥165,000
TYE665IBRQ- ¥131,000 ¥184,000
BHQ2- ¥145,000 ¥203,000
納品量-4 nmole以上10 nmole以上
反応回数（20 µL反応系）-800回以上2,000回以上

* IBFQ: Iowa Black® FQ, IBRQ: Iowa Black® RQ, BHQ1: Black Hole Quencher® 1, BHQ2: Black Hole Quencher® 2
>> クエンチャーについて

■ LNA PrimeTime® Probes受注可能条件
1. 5'末端に蛍光色素、3'末端にクエンチャーがあるプローブ
2. 塩基数：10 ～ 25 bases
3. LNA: 1 ～ 6個

※2,3を満たさない場合でも特別注文で承ることが可能です。合成できるかどうか、まずはお問い合わせ下さい。
LNAはライセンス上、プローブ形式でなければ合成いただけません。ご了承ください。

■ 特別注文について
1. 最小合成スケール:250nmole
2. 保証収量が小さくなります
3. 特別注文費用が掛かります。

Moleacular Beacons 価格・納期

納期： 約10営業日

2次元構造（ヘアピン構造)をとるオリゴヌクレオチドで、ヘアピン構造によって蛍光色素とクエンチャーを近接させて消光させます。


FluorophoreQuencher保証収量価格
FAM Dabcyl10 nmole¥64,400
40 nmole¥92,500
IBFQ10 nmole¥68,400
40 nmole¥100,600
TETIBFQ10 nmole¥80,800
40 nmole¥118,800
HEXIBFQ10 nmole¥85,400
40 nmole¥125,700
TYE563 IBRQ 5 nmole ¥118,300
20 nmole ¥171,400
TYE665 IBRQ 5 nmole ¥116,700
20 nmole ¥176,200

* IBFQ: Iowa Black® FQ, IBRQ: Iowa Black® RQ, BHQ1: Black Hole Quencher® 1, BHQ2: Black Hole Quencher® 2
>> クエンチャーについて

クエンチャー(Quenchers)とは

一般にFRET (Fluorescence Resonance Energy Transfer)と言えば、近接する2つの蛍光物質間において、励起された蛍光物質（ドナー）のエネルギーがもう一方の蛍光物質（アクセプター） を励起するという現象です。
一方クエンチング（消光作用）とは、アクセプターが受けとったエネルギーを、検出範囲外の光エネルギーや熱エネルギーとして放出する現象で、クエンチングを行う物質をクエンチャーと呼びます。
また、Iowa Black®などの熱エネルギーとして放出するタイプのクエンチャーはダーククエンチャーと呼ばれ、光を発しないためよりバックグラウンドを抑えることが出来ます。

ダーククエンチャー例：Dabcyl、Black Hole Quencers®(BHQ1、BHQ2)、Iowa Black®FQ、Iowa Black®RQなど

FRETにおけるエネルギー移動の効率は、蛍光体とクエンチャーとの距離ならびに蛍光物質の発光スペクトルとクエンチャーの吸収スペクトルの重なりに依存します。（上図)
IDTの開発したIBFQとIBRQは、赤色領域の蛍光色素も消光できます。

各クエンチャーの特徴
■ Iowa Black® (IB)
IDT社独自のクエンチャーのため安価です。
次に記載のBlack Hole Quencher®と同様の性能を持つダーククエンチャーです。
短波長側のIBFQ（FAMなどとの組み合わせに使用）、長波長側のIBRQ（Cy5などとの組み合わせに使用）があります。

■ Black Hole Quencher® (BHQ)
よく利用されているダーククエンチャーです。
短波長側のBHQ1、長波長側のBHQ2があります。
論文の追試用などでご要望の場合にこのクエンチャーを使ったプローブを提供しています。
しかし、BHQをご希望の場合でも、価格の面などからIBFQ/IBRQを使用することをお勧めしています。

■ TAMRA
Taqmanプローブ開発時から使われているクエンチャーです。
TAMRAは蛍光を発しますので、TAMRAをご希望のお客様にもIBFQをお勧めしています。

■ おすすめ ZEN/IBFQ, TAO/IBFQ,のダブルクエンチャー
3'側のクエンチャーに加え、プローブ内にZENやTAOというクエンチャーを付加した、IDT社オリジナルのクエンチャー形態です。
インターナルクエンチャーの存在により、消光反応が強くなり、より蛍光のバックグラウンドを抑えます。
»さらに詳しく

■ 蛍光色素とダブルクエンチャー
















PrimeTime の選択手順

 
   
 
 


注文方法

IDTウェブサイトよりお申し込みください。

また、合成開始前に見積書が必要な場合は、「Request Quote」とご記入ください。
必ず英語でのご記入をお願いいたします。
■ すでに配列を設計されている場合
カスタム（Assays / Probes）
Fw: ATGCCCTA...
Rv: TTACGGAT...
Probe: GCGGTAGA...		 >> ご注文　 (IDTウェブサイト)
>> ご注文方法
プレデザイン（Assays / Primers）
5'-Mm,PT,00a,0100203-3'
5'-Mm,PT,40a,0100203g-3'
　　　　: 		>> ご注文　(IDTウェブサイト)
>> ご注文方法
■ Accession NO.が決まっている場合
Accession NO.（Assays）
NM_000008
NM_000009
　　　　:		 >> ご注文 (IDTウェブサイト)
>> ご注文方法
■ 発現解析を行いたい領域の配列が決まっている場合（配列設計に1-4営業日かかります）
Region（Assays / Probes）
Non coding 114
atgctcggctctagcatgacaga
ctacgtacaatcgaaagctg...
その他につきましては、メールにてお問い合わせ下さい
japan-cc@idtdna.com


論文紹介 (Citations)

本製品を用いた最新の論文はこちら
» PrimeTime Probes
» PrimeTime LNA qPCR Probes

Q & A

Q. 保管について
Q. mix塩基の指定は可能ですか？
Q. IDT推奨のPCRサイクルを教えて下さい。
Q. どのようにTm値を計算していますか？
Q. IDT推奨のTm値はありますか？
Q. 内在性コントロールについて、推奨はありますか？
Q. PrimeTime®の溶解方法について
Q. IDTでは、推奨プロトコールがありますか？
Q. プレデザインはバリデート済みですか？
Q. マスターミックスはどちらの社の物を使えばよいですか？
Q. 論文から引用した配列のTm値 が極端に低い場合 (MGB修飾プローブの代替方法について)
Q. MGBプローブからの切り替えを検討しています。そのままの配列で注文できますか？
Q. SNPs解析など、ターゲット配列内の1～数塩基の違いの検出方法
Q. ダーククエンチャー（IBFQ,IBRQ,BHQなど）を用いる場合の設定について
Q. ダブルクエンチャーについて、具体的なデータはありますか？
Q. 色素と対応機器について
Q. プロトコルにはIDTE Buffer(10mM Tris,0.1mM EDTA,pH8.0)に溶解するとありますが、1mM EDTAで調製されたTE BufferやDWで溶かすことはできませんか。