xGen® Universal Blocking Oligos の製品形式の変更について

2016年10月にxGen® Universal Blockers - TS Mixの販売が開始されました。このブロッキングオリゴは、これまで何種類かに分かれていたブロキングオリゴを混合させた製品で、アダプターのタイプによって異なる製品を購入する必要がなくなりました。
また5'側、3'側も選択する必要がなくなったため、非常に簡単に製品を選択する事が出来る様になりました。

本ページでは、従来品の製品形態と、製品の型式変更が及ぼす実験結果を掲載しております。


[参考] 弊社従来品について

弊社従来品の販売は終了しております。
従来品が必要な場合は、japan-cc@idtdna.com　までお問い合わせ下さい。
Blocking Oligos for Single-Index Illumina Adapters
Illuminaシーケンサーご使用時に、インデックス配列をアダプター片側(p7)に含む配列に対応したブロッキングオリゴです。インデックスの塩基数は6塩基または8塩基です。
　p5(Universal adapter)を1本と、p7はインデックスの塩基数に応じて何れか1本をお選び下さい。6塩基と8塩基のインデックスアダプターを同時に使用する際は、両方ともご購入いただく必要があります。

ブロッキングオリゴ

製品名 反応数 価格 カタログ番号
xGen® Universal Blocking Oligo - TS-p5 25 反応分 ¥60,000 1016184
xGen® Universal Blocking Oligo - TS-p7(6nt) 25 反応分 ¥60,000 1016186
xGen® Universal Blocking Oligo - TS-p7(8nt) 25 反応分 ¥60,000 1016188

ブロッキングオリゴ対応一覧表
TS-p5 and TS-p7 (6 nt index) TS-p5 and TS-p7 (8 nt index)
TruSeq LT adapters 1–12 TruSeq LT adapters 13–27
NEB adapters 1–12 NEB adapters 13–27
Bioo adapters 1–6, 7–12, 13–24 Bioo adapters 96-index


Blocking Oligos for Dual-Index Illumina Adapters
Illuminaシーケンサーご使用時に、インデックス配列をアダプター両側に含む配列に対応したブロッキングオリゴになります。インデックスの塩基数は8塩基です。 i5とi7を1本ずつお選び下さい

製品名 反応数 価格 カタログ番号
xGen® Universal Blocking Oligo - TS HT-i7 25 反応分 ¥60,000 1046640
xGen® Universal Blocking Oligo - TS HT-i5 25 反応分 ¥60,000 1046637


弊社新製品について

　xGen® Universal Blocking OligosはHPLC精製された高品質オリゴで、3’末端のC3スペーサー付加など非特異な配列の結合・増幅を防ぐ修飾がされております。アダプター配列中のインデックス部分には、イノシン塩基が結合するよう設計されておりますので、マルチプレックス実験にも対応可能です。
　従来のブロッキングオリゴ※を混合させた製品で、非常に選択が容易で、かつ1回反応分の価格も安くなっております。
　
※ 従来のブロッキングオリゴ... Blocking Oligos for Single-Index Illumina Adapters 及び Blocking Oligos for Dual-Index Illumina Adapters
xGen® Universal Blockers - TS Mix
　Illumina社のシーケンサーに対応したBlocking Oligoセットです。
製品名 反応数 価格 Cat# 納期
xGen® Universal Blockers - TS Mix 16 反応分 ¥92,500 1075474 約1週間
96 反応分 ¥450,000 1075475
384 反応分 ¥1,650,000 1075476


新旧製品の価格比較
従来品：30,000 × 2 = 60,000 (10回分)　→ ¥6,000/回
新製品：92,500 / 16 = 5,781.25　→ ¥5,781/回


新旧製品の比較実験データ

xGen® Universal Blockers - TS Mixは弊社従来品と比較して、実験結果に影響しない事を確認しております。詳細は以下の図をご覧下さい。



図1. xGen® Universal Blocking Oligosを混合して使用してもオンターゲット率は変わらない
xGen® Universal Blockers – TS Mixを各ブロッキングオリゴを混合して使用した場合（右 - TS-Mix）と、混合せずに使用した場合（弊社従来品：中 - Individual）、同等のオンターゲット率となることが確認できました。
また、ブロッキングオリゴを使用しない場合（左 - No Blocker）と比較して、オンターゲット率は大きく改善されています。

実験はNA12878 (Coriell) 細胞株をKAPA Hyper DNA Library Prep Kit for Illumina (Kapa Biosystems)を使用してライブラリを作製し、キャプチャープローブとのハイブリダイゼーションは弊社プロトコール v3に従い、xGen® AML Cancer Panel 1.0 (IDT)とxGen® Lockdown® Reagents（IDT）で行いました。エンリッチメントしたサンプルはMiseqで150 bpのペアエンドでシーケンスを行いました。



図2. xGen® Universal Blocking Oligosはsingleplexとmultiplexで同等の結果となる
　xGen® Universal Blockers – TS Mixをsingleplex(n=12)とmultiplex(n=4)の結果を比較した場合、同等の結果となることが確認できました。
　実験はNA12878 (Coriell) 細胞株をKAPA Hyper DNA Library Prep Kit for Illumina (Kapa Biosystems)を使用してライブラリを作製し、キャプチャープローブとのハイブリダイゼーションは弊社プロトコール v3に従い、xGen® AML Cancer Panel 1.0 (IDT)とxGen® Lockdown® Reagents（IDT）で行いました。multiplexのサンプルは、各ライブラリ500 ngを計2 μgになるように調製し、エンリッチメントしたサンプルはMiseqで150 bpのペアエンドでシーケンスを行いました。



図3. xGen® Universal Blocking OligosはLTアダプターとHTアダプターで同等の結果となる
　xGen® Universal Blockers – TS MixをLTアダプター(n=12)とHTアダプター(n=12)の結果を比較した場合、同等の結果となることが確認出来ました。
　実験はNA12878 (Coriell) 細胞株をKAPA Hyper DNA Library Prep Kit for Illumina (Kapa Biosystems)を使用してライブラリを作製し、キャプチャープローブとのハイブリダイゼーションは弊社プロトコール v3に従い、xGen® AML Cancer Panel 1.0 (IDT)、とxGen® Lockdown® Reagents（IDT）で行いました。エンリッチメントしたサンプルはMiseqで150 bpのペアエンドでシーケンスを行いました。

LTアダプター・・・ Illumina社 Single index アダプター
HTアダプター・・・ Illumina社 Dual index アダプター

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