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IDTウェブサイトを用いたAlt-R™ CRISPR-Cas9 systemの注文方法について

発注方法

1. はじめに、 IDTウェブサイト を訪問し、新規登録 or ログインをお願いします。 ログイン完了後、国旗を「日本」に変換し、続いてOrderタブをクリックして下さい。
2. ログイン完了後、国旗を「日本」に変換し、続いて[Order Menu]のタブをクリックして下さい。
① ログイン状態の確認② 国旗の変更（日本のポータルサイトへの移動）③ [Order Menu]のタブをクリック
3. Order Menu ページの [CRISPR-Cas9]をクリックして下さい。

4. Alt-R CRISPR-Cas9 crRNAの注文方法には2通りあります。
お好みの購入方法をご選択下さい。
  • ・ 切断したい配列をご自身で設計された場合は 5.ご自身で設計されたcrRNAの購入方法
  • ・ 切断したい遺伝子のみが決まっている場合は 6.プレデザインcrRNAの購入
  • ・ crRNA以外のタンパク質等をご購入の場合は、7.crRNA以外の購入
5. ご自身で設計されたcrRNAの購入方法
ご自身ですでに設計されたcrRNAを購入するには、「use your own designs」の[Order in Tube]を選択します。crRNAの本数が多い場合は、96 wellプレートや384プレートもお勧めです。(※96wellプレートは24本、384wellプレートは96本以上のご注文が必要です。)
5-1. 入力方法が表示されるので、こちらをお読み頂き、Close this window をクリックして下さい。
簡潔に内容を記述しますと、下記の様にPAMサイトから上流20basesを入力して下さい。と書かれています。もう一度表示させる場合は、次ページの[Show CRISPR Help]をクリックします。

5-2. 1～4の順に入力・選択を行います。
本数が多い場合は、4-3項をご参照下さい。

5-3. その他Alt-R製品の注文も行えます。
すでに手元にtracrRNA等をお持ちの場合は、Add to Orderをクリックして下さい。
必要な場合は、必要な製品の個数を入力してください。


ショッピングカート以降はこちら ▶

6. プレデザインされたcrRNAの購入方法
Select Predesignedをクリックします。
6-1. 初めてアクセスした場合は、本デザインツールの説明が入ります。
デザインツールについては別のページで解説しますので、[Design My crRNA]をクリックして、次に進んで下さい。
6-2. デザインを作成するために、1.種 2.遺伝子名を記入し、3.[Search]をクリックして下さい。
図は例としてマウスのHPRT遺伝子のプレデザインを作成しています。

※ Input Fomat ... 3つから選択可能です。
Gene Symbol ... HPRT1などの遺伝子名。NCBI Accession Number ... NM_,NR_XM_,XR_などから始まる番号。
Design ID ... Hs.Cas9.HPRT1.1.AAなどのIDTのプレデザインのIDです。

※Design oer Gene ... 1-20の数字をご入力下さい。遺伝子1個あたりのデザイン数です。
6-3. Searchをクリックすると下記の様な画面に遷移します。

※上図の上位部分のツール（Gene MAP)の使い方はこちらをご参照ください。 » Q&Aへ
6-4. この中からデザインをいくつか選択します。
6-5. デザインを選択したら、Action → Add to design setの順にクリックします。
6-6. 続いて、My design set をクリックします。
6-7. My design set へ移動後、 Select all designs → Actions → Add to Cart の順にクリックします。

※ 各デザインのADD TO CARTをクリックしてしまうと、そのままショッピングカートに遷移してしまい、デザインを再度行わなければならないので、お勧めしません。
注. ショッピングカートに重複するcrRNAが入っている場合はこの様なエラーが出ますので、当該crRNAを一旦削除するか、ショッピングカート内を空にして下さい。

6-8. Add to Cartをクリックすると、他の試薬が必要かどうか確認する画面が出てきますので、必要であれば個数を入力し、Add to Orderをクリックして下さい。必要ない場合は、Continue to Checkoutをクリックして下さい。


ショッピングカート以降はこちら ▶

7. crRNA以外のタンパク質等のみの購入方法
https://sg.idtdna.com/pages/products/genome-editing/crispr-cas9 (※5と同じページです。） にて、少し下にスクロールして頂き、必要な製品の個数を入力してください。入力後、[Add to Order]をクリックして下さい。

7-1. Order後は、ショッピングカートにデータが入りますので、ショッピングカートに移動して下さい。



ショッピングカート以降はこちら ▶

8. [Bulk Input]を用いて複数本のcrRNAを発注する場合

[Bulk Input]をクリックして下さい。

8-1. 下記の様な画面が現れますので、赤い四角内にエクセルからコピー&ペーストを行います。

8-2. エクセルシートから、配列名と配列が隣り合った状態でコピーを行い、前述のページに貼り付けます。
24本以上であれば、[Order in plates] をクリックすることで、プレート形態で納品できます。
入力後は、[Update]をクリックして下さい。Update後、[Add to Order]をクリックして下さい。


ショッピングカート以降はこちら ▶


※.エクセルシートからの貼付け方は、こちらの動画も参考になるかと思います。


Q&A


IDT CRISPR-Cas9 Design Tool に関するQ&A
Q. IDT CRISPR-Cas9 Design Toolで出来る事って何ですか？
A. IDT CRISPR-Cas9 Design Toolでは、次の3つが可能です。
  1. プレデザインの検索 - Search for Predesigned CRISPR
  2. お客様指定の配列からのカスタムデザインの設計 - Design Custom crRNAs
  3. 既存のターゲット配列の検証 - CRISPR-Cas9 crRNA Checker


»設計ツールはこちら
https://sg.idtdna.com/pages/products/crispr-genome-editing/alt-r-crispr-cas9-system
Q. IDT CRISPR-Cas9 Design Tool で用いているデータベースは何ですか？
A. 下記のデータベースを使用しております。(2018/2月現在)
  • ヒト、Homo sapiens :  GRCh38/hg38
  • マウス、Mus musculus :  GRch38/mm10
  • ラット、Rattus :  RGSC 6.0/rn6
  • ゼブラフィッシュ、Danio rerio :  GRCz10/danRer10
  • 線虫、C. elegans :  WBcel235/ce11


プレデザインツールに関するQ&A
Q. プレデザインの検索はどの種に対してできるのですか？
A. ヒト、マウス、ラットに加え、ゼブラフィッシュと線虫にも対応しております。

Q. 検索結果の見方を教えてください。
A. 検索結果は上から順に推奨順から並んでいます。
各デザインについて下記で説明させて頂きます。


  1. Recommendedは上位3配列に表示されます。
  2. On-Target Scoreは1-100の値をとり、100に近いほど切断効率が高いです。
  3. Off-Target Scoreは1-100の値をとり、100に近いほどオフターゲットのリスクが低いです。
  4. チェックボックスにチェックを入れると、Gene Map上のその配列が黄緑色になります。
  5. Show off-target details ボタンで、オフターゲットの検証の詳細を確認できます。

Q. Show off-target detailsの見方を教えてください。
A. Show off-target detailsで表示される各データについては、下図を参照にして下さい。


  • SNP risk, SNP Location　：　候補配列上のSNP存在有無を示しています。
  • Score　：　値が低いほど配列がoff-targetとなるリスクが大きくなります。
  • #MM　：　配列にあるミスマッチ、deletion、insertionの数です。
  • Gene　：　配列が他の遺伝子領域に存在しているかどうかを示しています。
  • Locus　：　配列のゲノム上の位置を示しています。

Q. デザインされた候補のうち、どれを選べば良いですか？
A. IDTでは、下記を参考にご選択頂くことを推奨しています。

  1. 検索結果で上位に表示されるプレデザインを複数個選択。IDTのScoreを判断基準としています。
  2. Gene Mapを見て、開始コドンATGの3’側下流のうち、近い位置のプレデザインを選択。配列の位置を基準とした選択方法です。
  3. 上記２つの観点（検索結果の表示の順番と Gene Mapの位置）から総合的に判断し、比較的上位に表示され、かつ開始コドンATGに比較的近いプレデザインを選択することも可能です。

Q. ATG付近の配列を見ながらデザインを選択することは可能ですか？
A. 可能です。Gene MAPをお使い下さい。


検索後、検索結果の上部にGene MAPが出てきます。
[+]ボタンで拡大。[-]ボタンでし広範囲のデザイン結果が見れます。[+]を押し続けると配列を見ることが出来ます。
また、→をクリックすると黄緑色になりますが、この状態は6-4の「選択された状態」と同じになります。

Q. カスタムデザインの方法を教えて下さい。
A. 設計ツールから Custom Designを選択し、下記のとおりに入力します。


  1. Species　：　対象の種をご選択下さい。
  2. Input Format　：　検索キーワードのフォーマットを選択して下さい。
    FASTA sequence：FASTA 形式
    Design ID：　IDTのカスタムデザインのシリアル番号：　例、CD.Cas9.VLBB8142.AA
  3. Paste/Type Input　：　 コピー＆ペーストでフォームに直接貼り付けて下さい。FASTA形式は各配列1,000 baseまで入力できます。
    Upload File　：　FASTA形式のファイルでアップロード可能です。
  4. 「Design」というボタンを押して下さい。

2. 設計の結果が表示されます。


  • ・候補配列が、on-target能と、off-targetリスクとのグリッドで表示されます。
  • ・on target能が高く、off targetリスクが低いことが想定されるのは、右上の白い領域です。ここの領域の配列が候補となります。
  • ・このグリッドから、候補配列の選択が可能です。数字をクリックすると、Gene Map上でその配列の「 → 」が選択されます。
  • ・逆に、Gene Map上の「 → 」をクリックすると、その配列の該当するグリッドの位置がわかります。

3. 設計の結果の候補配列リストについて


  1. 結果は、Validated design、Predesing、Custom design の順に掲載されます。
  2. Design IDという番号が、各候補配列を特定する番号として使われています。
  3. Gene Mapにより、ターゲット遺伝子上の候補配列の位置が分かります。
  4. 左上のグリッドにてon target能やoff targetリスクの観点での評価を確認して下さい。その後、右上のGene Mapにて位置を確認し、発注する候補配列を決めて下さい。

選択と発注は、プレデザインと同様に進めて下さい。»以降の使い方はこちら (※6-3以降をご参照下さい。）

Q. 自身で設計したcrRNAについて、IDTのスコアを算出することは出来ますか？
A. 可能です。設計ツールの [Check Your Own Design]をお使いください。


  1. Species　：　対象の種をご選択下さい。
  2. Input Format　：　検索キーワードのフォーマットを選択して下さい。
    FASTA sequence：FASTA 形式
  3. Paste/Type Input　：　 コピー＆ペーストでフォームに直接貼り付けて下さい。
    Upload File　：　FASTA形式のファイルでアップロード可能です。
  4. 「Design」というボタンを押して下さい。

2. 下図の様に設計の結果が表示されます。 »検索結果の見方についてはこちら


3. 詳細も見ることが出来ます。